阿蒙内心对海伦压抑的情感终于彻底爆发了，他一方面鄙夷着犹太人，但一方面又无法控制海伦对自己的吸引，这让阿蒙把所有责任都宣泄在海伦身上，狠狠地殴打了海伦，用这种方式发泄着自己内心的纠结和矛盾。那种凶残和偏执、疯狂和冷酷，一拳一拳地击打在海伦身上，同时也一拳一拳地击打在现场每一名观众的心间，背后不由就冒出了一片冷汗，他们的灵魂都在瑟瑟发抖。
而与此同时，一场幸福的犹太婚礼在营房里举行，辛德勒也在工厂庆祝自己的生日。辛德勒吹灭了蛋糕上的蜡烛之后，亲吻了身边的每一个女人。工厂里的犹太姑娘带着一个犹太女孩，也捧着蛋糕代表全体工人祝辛德勒生日快乐。辛德勒也亲吻了她们，不想这成为一个祸端的开始。
集中营又开始了新一轮的清洗，他们以集体淋浴的名义将犹太人集中起来，但实际上却是送到毒气室，将所有人都杀死。这让犹太人全部都恐慌起来。这一次又有一批犹太人从匈牙利来到了普拉绍夫集中营，为了清理出足够的营房安排这些犹太人，所以才必须展开新一轮的清洗。
由于阿蒙正在接受身体检查——他因为食用了太多肉食而导致血压过高，医生希望他能够控制一下体重。所以阿蒙就临时起意，把那些有病的犹太人全部消灭掉。军官要求所有犹太人都脱光衣服进行检查，女人们纷纷弄破手指挤出血来涂在脸上、唇上增加血色；而操场上所有犹太人都果体地在接受身体检查，他们的尊严早就已经不存在了，
经过检查之中，部分犹太人被留了下来，可他们还来不及庆祝，就看到集中营里的孩子们都被赶上了卡车，和那些没有通过检查的人一起被带走了，这顿时让“幸存者”们都慌了手脚，可即使是拼命呐喊也无法挽回卡车消失在道路尽头的身影。
可怜的孩子们也都被迫四处逃窜，在集中营里寻找能够躲避搜索的地方，甚至甘愿跳到粪池里，以求得生命的延续。为了生存，孩子们之间也展开了激烈而残酷的竞争，只为了能够活下去，而孩子的童真早就在集中营的残酷之中被消磨殆尽，这才是战争最可怕的地方。
那些被送上卡车的犹太人全部被装进了火车货柜里，待在闷罐车里的犹太人承受着烈日的炙烤，口渴难忍。目睹着这一幕的辛德勒给坐在月台上的阿蒙递上冰镇汽水后建议叫辆消防车来，用水笼头朝那些犹太人喷洒，以此取乐。于是，阿蒙吩咐士兵执行，犹太人纷纷用嘴去迎接这生命之泉。看着那些可怜的犹太人，辛德勒不由自主地走了上前，吩咐士兵朝车顶多喷一点，注视着他的阿蒙意识到了什么，脸上的笑容顿时收敛了起来。
盖世太保逮捕了辛德勒，罪名是违反了元首的种族法规，在他生日当晚无意中吻了那位送蛋糕的犹太姑娘。阿蒙为了自己的经济利益，向盖世太保头子朱利斯解释，并为辛德勒说情，用钱解决了问题。辛德勒在受到一番警告后获得保释。
1944年四月，在克拉科夫和普拉绍夫犹太人居住区中被杀害的犹太人已超过一万。阿蒙奉上级之命挖出早已埋葬的尸体焚化，被焚化的尸体冒出的烟灰在空中下了一场倾盆大雨，将整片天空都遮掩住了，散发出来的恶臭更是将空气完全污染，这一片铺天盖地的烟灰就是一个个生命的证明。
辛德勒在那被挖出来的尸体中，再次看到了那抹红色，那个穿着红衣的小女孩就这样毫无生机的躺在推车上，彷佛将整个世界所有的希望都掐灭了一般。
随后，阿蒙负责把剩下的犹太人运往奥斯威辛集中营。辛德勒得知这一情况后要求阿蒙给他的会计师斯泰恩特别待遇。至于辛德勒自己，他心灰意冷，眼看工厂将难以为继，他打算回家乡去，可斯泰恩说可以继续开厂，当然得另雇新工人。不过辛德勒并没有答应这个提案，他发自内心地感激斯泰恩，现在他决定带着自己一辈子都无法挥霍的金钱回到家乡，回到他的妻子身边，“这一切总有一天会过去的。”目睹了犹太人的遭遇，辛德勒内心的震撼和伤痕，已经永远都无法弥补了。
“我本来想说，我们什么时候喝一杯的。”辛德勒看着斯泰恩，感慨万分地说到。
“我看还是现在喝比较好。”斯泰恩努力挤出一抹微笑说到，但一行泪水却在他眼中滑落，因为他知道，这一次离开普拉绍夫集中营，也许就是永别了。
那一个晚上，辛德勒辗转难眠。
第二天，辛德勒带着满满几皮箱的钱来到了阿蒙的面前，说他要买下他的工人，阿蒙疑惑地问：“这对你没有好处，你必须把他们全部运去捷克，然后重新建营房。究竟为什么？你肯定别有目的，你得对我说实话！”
辛德勒回答到：“这样我不需要再训练工人，对我有利，对你有利，而且对军队也有利，我要生产军火。”辛德勒要阿蒙开价，一个犹太工人多少钱？“一条生命对你来说值多少钱？”
但阿蒙却摇了摇头，“不不不，应该是一条生命对你来说值多少钱？”
在工厂的办公室里，辛德勒一支接一支地吸着烟，一面向正在打字的斯泰恩口授着名单，他终于用钱买通了阿蒙和朱利斯，他留下了全部儿童，还有工厂的投资人、教师、医生、技术人员、艺术家，他拯救了一个又一个无辜的生命。
这份名单之上，每个名字就是一条生命，也是犹太人这个种族的生命延续，这让辛德勒开列的名单越来越长，这时的辛德勒表现出异样的“贪婪”，他一次次地去见朱利斯，尽量力争多给一些名额。
斯泰恩捧着他打出的长长的名单，双手颤抖着，生命的火种在自己的眼前燃烧起了光芒。
名单的最后一页，留着一个空白的名额，那是留给阿蒙的犹太女仆海伦的。阿蒙不肯将她交给辛德勒，他表示永远不会送她去集中营，而要带她一起回维也纳，要和她一起生活。辛德勒提醒他：这只是个一厢情愿的梦。但阿蒙说宁可带海伦去树林，然后朝她的脑袋上开一枪。但最终阿蒙还是退却了、妥协了，以一万四千八百马克将海伦交给辛德勒去劳役营上工。
一万四千八百马克，这就是一条生命的最高价格，同时也是纳粹军官对犹太女仆的爱情的价格。
名单上的犹太人到广场登记后，将用火车分男女两批送往捷克的兹维陶-布伦利兹——军火厂所在地，也是辛德勒的故乡。辛德勒告诉先期到达的犹太男人：妇女列车已离开了普拉绍夫，很快将到达军火工厂。妇女列车在行进着，车厢里一片欢腾。然而，火车却因为登记失误而开到了奥斯维辛集中营，妇女们被命令脱光衣服、剪光头发进行沐浴消毒，传说中的可怕事情终于降临到了她们身上，人们一片惊恐。
心急如焚的辛德勒赶到奥斯威辛，向集中营头子要回他的工人。在软硬兼施之下，接受了贿赂的头目想用另外三百人替换。可是，辛德勒不同意，在他的坚持下，头目终于松口了。回到家乡之后，辛德勒再三向德军士兵训话，不准他们随便开枪乱杀军火工厂的犹太工人。
辛德勒在教堂里找到了自己的妻子，他向她保证，“所有门房或者领班都会认为你是独一无二的辛德勒夫人。”辛德勒的灵魂终于完整了，他回到了故乡回到了妻子身边。
工厂开始运作了，但情况却不太妙，斯泰恩来向辛德勒汇报：工厂生产的炮弹质量全部不合格，恐招军方起诉。可是辛德勒却镇定地表示，他会去向德国人解释。他告诉斯泰恩，他们生产的炮弹质量不好，他非常高兴。因为在辛德勒的内心深处，他希望德国人战败，他不想要提供给军队更多的武器，特别是由犹太人双手制作的武器。
整整七个月，辛德勒没有生产出合格的产品。与此同时，他却花数百万马克以供应他的工人以及用来对德国官员行贿，同时还用钱从军火市场买来一些炮弹作为军人工厂的产品，搪塞一下德军。这样做，使辛德勒倾家荡产、濒临破产。
德国终于无条件投降了。辛德勒站到了所有工人面前，“在今天的午夜十分，战争正式终结，从明天起就可以各自去寻找自己的亲人了，对大部分人而言，结果可能是令人失望的。在历经了六年的屠杀之后，举世都在哀悼这些受难者，但我们存活下来了。你们许多人都当面谢过我，其实你们该感激的是自己，以及勇敢无畏的斯泰恩，还有那些在面对死亡威胁的同时，仍默默照顾彼此的人。”
辛德勒坦然地展开双手，“我是纳粹党员，也是一个军火制造商，我还非法奴役俘虏替我工作，我现在已经成为一名罪犯。在今晚午夜你们将获得自由，而我将被通缉，我会陪各位留在此地，直到今晚的十二点零五分，在那之后，请各位原谅，我必须开始逃亡。”随后，辛德勒看向了工厂旁边守卫着的德军士兵，劝他们放下武器，“堂堂正正地回家，而不要做一个杀人凶手。”
士兵们垂头悄然离去。
之后，辛德勒重新看向了工人们，“为了悼念那些无数被杀害的无辜者们，我希望大家能一起默哀三分钟。”
午夜过后，带着妻子准备离开的辛德勒吩咐斯泰恩把厂里的东西全部分给工人。工人们把假牙融化取出金子打铸成一个质朴的戒指，上面用希伯莱文刻了一句经文，“凡救一命，即救全世界。”还有一名犹太人将全体工人签名的说明信交给辛德勒，万一他被捕，上面有所有人的签名，证明他的清白。
看着手中的戒指，看着眼前的斯泰恩，辛德勒激动得热泪奔流、难以自持，他此时才意识到，他可以挽救更多的生命，他做得还是不够。
面对语无伦次的辛德勒，斯泰恩真切地说，“因为你才使一千一百名犹太人幸免于难，他们的后代也蒙受了他的恩泽，永志不忘。”
但辛德勒却惆怅茫然地说到，“如果我的生活不那么奢侈，我可以再多救些人，如果我再多赚点钱……我太荒唐挥霍了……”辛德勒看着自己的车子、自己的奖章，悔恨不已地说到，“这一辆车，可以再多救十条人命；这一枚胸针，这是纯金的，至少可以再换两条人命，他会愿意用两条人命交换，至少一个……他至少会再给我一个人，再多一个人……再多一条生命……”
看着身边那一个个真实的生命，辛德勒这才意识到自己的挥霍和享受葬送了多少条生命，这让辛德勒刹那间被悔恨所吞噬，他泣不成声地伏在他的会计师肩上跪了下来。看着如此脆弱的辛德勒，辛德勒夫人上前抱住了自己的丈夫，而工人们也全部都纷纷围上前来抱住了他们的救命恩人，用这最简单的一缕温暖保护着辛德勒。
辛德勒走了，人们久久地尾随着，目送着他直到尽头。
战争结束了，苏联解放了捷克和波兰，犹太人终于赢得了自由，走向了那微弱的希望。而杀人如麻的阿蒙被处以绞刑。
战争之后，世界恢复了色彩，伴随着电影那一片黑白之中逐渐明亮起来的蓝天，色彩再次进入了整个世界。
辛德勒终究没有能够挽回自己的婚姻，而生意也屡屡失败，身无分文的他，曾经一度只能依靠那些他曾经救助过的犹太人给予的救济继续生活下去。1958年辛德勒获耶路撒冷大屠杀纪念馆颁赠的正义勋章，并被邀请在正义路上种植了一颗小树。
1974年10月9日，辛德勒在贫困中去世，他被以天主教方式安葬在家乡的兹维塔齐尔山上，那些被拯救的“辛德勒犹太人”纷纷来到了辛德勒的墓碑面前，表达自己的敬意，他们每一个人都在墓碑上留下一块石头，这块代表“感恩永远不变”的石头表达了犹太人内心最真实的情感，也是在那一场残酷而血腥的战争之中留下的一丝人性，更是那暗无天日的岁月里最稀薄却不曾熄灭的一缕阳光。
今天，在波兰活着的犹太人还不到四千人，而辛德勒犹太人的后裔已经超过了六千人，所以，时至今日每年依旧有许多许多幸存的犹太人及其后代来祭奠他的亡灵。
电影结束了，在“谨以此片纪念被杀害的六百多万犹太人”的字幕之中，落下了帷幕，但是内心的震撼，这才刚刚开始。