第二次冉丹战争结束后，帝皇与穆诞·阿剃圣也得以团聚在了一起。
只不过，当帝皇得知穆诞·阿剃圣已经舍弃了基因原体的肉身，化为了天网级别的数字生命时，帝皇的表情简直难看到了极点。因为，帝皇知道他那挽回铁人技术的计划失败了，穆诞·阿剃圣即使如今已然回归，也将无法得到有效的控制。
帝皇本想利用亲情和大义来感化穆诞·阿剃圣，好让其心甘情愿的留下来，为整个人类帝国效力或牺牲。
但穆诞·阿剃圣敏锐的察觉到自己与帝皇的理念不合，于是果断拒绝了这份提议，并当着帝皇和其他原体兄弟们的面，言词犀利的顶撞和抨击着帝皇在管理帝国时的各项弊端与不仁之举。
双方对此爆发了激烈的言语冲突和理念碰撞，气氛一度火药味十足。而旁边的原体兄弟们，则吓得噤若寒蝉，不敢插嘴。
此时的帝皇，由于与冉丹“萨总”交手后的伤势尚未痊愈，再加上他本身也不想直接打杀了这个逆子，所以没有亲自动手，而是命令手底下的禁军和寂静修女将其拿下，想直接用武力将其屈服过后，再图慢慢改造他的想法，使其变成人类帝国手中一件好用的“工具”。
而这一切，也都在其他几位基因原体的眼中进行。特别是在第十六军团原体·荷鲁斯·卢佩卡尔的心中，开始慢慢产生了一股额外的想法。
见帝皇想要将自己拿下，已经成为了奥创天网般存在的穆诞·阿剃圣，本可数据上传一走了之的。但他没有，而是直接召唤出了自己的近卫队，与帝皇所下达的命令硬刚了起来。
穆诞·阿剃圣的近卫队，是一群覆盖了强相互作用力材料装甲，物理抗性点满，单体实力属性是普通阿斯塔特星际战士一万倍的大秦玄衣甲卫。
大秦玄衣甲卫虽然功能非常的局限，但在祖龙的世界中，已经证明了它作为护卫战将型机器人的可靠与强大。
很显然，在没有灵能的协助下，无论禁军和寂静修女如何联手围攻，也拿穆诞·阿剃圣的近卫队没有半点办法。
这一下，感觉自己丢了面子的帝皇，终于震怒了！只见他直接从自己的王座上站了起来，全身所散发的金色灵能光芒，如同太阳一般炽烈耀眼，誓要当场将穆诞·阿剃圣和其近卫队一起进行镇压！
穆诞·阿剃圣也是个倔脾气，从小在赛博科技巢都的不公经历，让他拥有了一颗不畏惧强权的心。
最后，一场小规模的战斗打响了，双方在经过了一番“父慈子孝”后，发现谁也奈何不了谁。一个是金色的灵能大只佬，一个是拥有不死之身的数字生命，谁也杀不死谁！
无奈之下，饱含着内心愤怒的帝皇，只能将穆诞·阿剃圣进行了驱逐，而原本打算留给他的第二军团则是直接解散，两人恩断义绝。除此之外，他也将会和第十一军团那个认同自己是异形的失败基因原体一样，被人类帝国永久除名。从此往后，不准任何人再提及有关第二军团和第十一军团原体的信息。因为这将是令帝国最为蒙羞之事，绝不可后世流传。
在处理完了这些烦心事后，帝皇便重新坐回到了他位于旗舰内的王座之上。大远征还在继续进行，冉丹异形的危机也已然解除，一个又一个失落的殖民地被找回，仿佛一切都在向好的方向发展，但为何就是心绪不宁呢？
每当帝皇一闭眼，脑海中就会自动浮现出人类被异形屠杀哀嚎的惨状，以及最后穆诞·阿剃圣当面怒斥、顶撞和抨击自己政策的话语。
特别是那一句：“你真的把我们基因原体当作了你的孩子看待吗？不！你只是把我们当成了你实现目的的工具！你真的深爱着人类吗？不！你只不过是在给自己寻找一个人生的目标，一份伟大的成就，一个足以心安的理由，一道自我安慰的借口！”
有时候，帝皇也会扪心自问的想：“我真的错了吗？不！我没得选！如果不这么做，人类就无法获救。没有牺牲，哪来的救赎？当初背弃我的永生者是这样，迩达是这样，欧姆·弥赛亚是这样，你们.......也是这样。所有与我亲近之人，根本就不理解我，甚至选择背叛我！我会证明的！我会证明我是正确的！人类，将会在我的手中，再次伟大！”
很快，帝皇就重新恢复了往日的傲然与斗志，他开始思考起冉丹异形的由来与人类帝国未来的发展。
帝皇认为，冉丹异形的很多行为都很古怪，它们就如同凭空出现的一般。且内部异形的种类错综复杂，但科技水平和战斗能力又出奇的强大，光是两次战争，就给人类帝国造成了巨大的损失。所以，必须将这股心腹大患赶尽杀绝，不能有任何让其死灰复燃的趋势。
与此同时，帝皇通过与冉丹“萨总”的交手来看，猜测这股异形势力，很有可能与亚空间有关。根据亚空间的特性，试想一下，如果有什么亚空间恶魔附身夺舍了大量的异形信徒，并将其组织成了一个异形帝国的话，那么就很好的解释了为什么冉丹内部会出现那么多不同种类异形的缘由。
甚至是，只要那些亚空间恶魔们愿意，还可以通过这个办法来不断夺舍或奴役现实物质宇宙中的其他异形势力，从而在短时间内让它们越发的壮大，并一步步形成对现实物质宇宙的入侵！
一想到有这种可能，帝皇就不由神态严肃起来。
虽然在大远征早期，为了对抗那些亚空间恶魔和那些被腐化或暴走的灵能者，帝皇便已经建立了专门的“反灵能”部队和“反恶魔”部队，但这显然远远不够。因为只要人们继续愚昧，继续崇拜，继续迷信，那么就会一直滋生与壮大亚空间内恶魔们的力量，甚至是引来更大的危机！
也许，冉丹异形的出现，就是对这种危机的一种警示。
事实上，在帝皇接连几次展露出了他那强大的灵能伟力之后，便已经被不少帝国的子民，甚至是基因原体奉为了神明，并狂热的崇拜起来。这种崇拜，就和灵族的人造亚空间神祇一样，虽然能够给帝皇不断滋养壮大其亚空间的本质，但却也会逐渐影响其作为人的心智，并朝着信徒们内心所期待的印象扭曲。
这可不是什么好兆头，简单来说，就是“信仰有毒”，除非你的量子意识足够强大，否则终有一天会被那庞大的信仰之音所异化，并雕塑为一尊无悲无喜的“神像”。
目前，短期内还看不出什么影响，但长此以往，帝皇猜测自己会在这种信仰之力的不断冲刷下，导致亚空间本质发生变化，从而渐渐丧失人性，转而只剩下神性。
为了阻止这一事态的蔓延，帝皇于是创立了“帝国真理”。
“帝国真理”的核心宗旨，就是教导人们相信科学，破除迷信思想，并用客观理性的思维方式去看待每一件事情。从而将全人类的情绪、欲望和执念，进行淡化或抹除，进而隔绝或防止亚空间对现实物质宇宙的影响。
于是，在帝皇的大力推动下，“帝国真理”很快就被强行实施了下去。它不仅向人们掩盖了亚空间和邪神存在的相关信息或真相，同时也把有关冉丹战争的具体记录进行了修饰与隐瞒。
帝皇想要通过这个办法，来彻底根除来自亚空间的威胁和隐患，但结果却是往往事与愿违。
包括基因原体在内的很多人，都对帝皇的决定表示了不理解。甚至觉得帝皇这是在自欺欺人！因为在众人的眼中，帝皇本身就是那个最不科学的存在！明明拥有宛如神明一般的身躯和伟力，却不承认自己是神？这不是自欺欺人是什么？
就好比，一个3k时代的人，前脚对你说要相信科学，后脚他就踏着飞剑腾空而去！这怎么可能会有说服力？
所以，尽管帝皇依旧在大力推广“帝国真理”，但“帝国真理”依旧还是受到了不少人的抵触和不理解。
其间，就发生了一件惨绝人寰的“完美之城毁灭”事件。
整个事件的起因，就是第十七军团·怀言者的基因原体·洛嘉·奥瑞利安极度崇拜帝皇，并发动自己家乡的所有人，把帝皇当作神明来崇拜，直接无视了“帝国真理”的要求，建立起了一座充满极端信仰的“完美之城”。
几次劝谏过后，死不悔改的洛嘉，终于激怒了帝皇。于是，帝皇利用其强大的灵能，压得所有驻守“完美之城”的怀言者不得动弹，然后命令基里曼率领第13军团·极限战士，把完美之城给摧毁了。所有不愿撤离，还在跪地向天空中的帝皇进行祈祷的人类子民，连同他们的城市一起被毁灭，而被镇压的怀言者，只能在一旁颤抖的看着，无能为力。
至此，一股对帝皇，对第13军团和基里曼的仇恨种子，开始悄然孕育。
但，这仅仅只是一个开始。
阴暗中的迩达露出了一抹邪恶的微笑：“人类的帝皇啊，很快你就会为你的傲慢和一意孤行而付出代价。而我，也为你特意编织出了一张巨大的黑网。看着你们一步步落入我精心布置的陷阱，逐渐反目成仇，我的心情也越发的愉悦与期待起来。”
“这注定是一场英雄的落幕，帝国的黄昏。你说，欧姆·弥赛亚会来救你吗？呵呵呵..........我们拭目以待吧！”