联军快速从多个方向杀入京都的大街小巷里，而三好义贤只得退守仙洞御所、京都御所附近那些有墙垣和防御公式的地方固守。不过，联军的攻击并没有立刻到来，因为他们各部之间忙着争吵谁才是第一个冲入京都，这可是事关荣誉的大事。
然而，他们的北侧却突然想起了战鼓的声音！
众人纷纷惊诧地向着北边望去，只见千余打着三好长逸旗的伏兵，从京都北边的相国寺里杀出，朝着联军的侧翼席卷而来。而联军最北边的池田恒兴所部，则首当其冲。
“麻烦了，恒兴他又忘了侦查！”更在池田恒兴侧后的丹羽长秀发现了三好长逸的部队后，立刻率军前去支援。因为池田恒兴所部不是渡河的第一批部队，在大家向着京都冲锋时还落在后面。为了赶上前面的人，他几乎放弃了指挥和阵型，强行向着京都冲去。现在，他的部队稀稀拉拉地拖成一长条，如果被三好长逸侧击的话，就将直接崩溃。
然而，丹羽长秀的增援部队却在鸭川附近被混乱的联军给挡住了，折腾了好半天才勉强赶到京都东边的梨木神社和庐山寺。而此时，池田恒兴混乱的部队已经被三好长逸击溃，池田恒兴自己则带着手头还能收拢的部队，朝着南边的泷川一益所部靠拢。
“娘的，真是乐极生悲！我刚还觉得我是第一个冲进来的呢！这三好长逸，当真不是个东西啊！”池田恒兴原本的400战兵，现在身边只剩下100来人，其他的都被三好长逸给冲散了。京都里面寺庙林立，屋敷纵横，街道杂乱无章，实在是太混乱，以至于不熟悉地形的他根本无法收拢部队。而三好长逸却在京都驻守过很长一段时间，对各种小路大路都掌握地得心应手，快速地追击着池田恒兴，把他追得收不住脚。
“叫池田恒兴快点把他的部队停下！”此刻，位于他南边的泷川一益也是急得如热锅上的蚂蚁。他的部队虽然是第一批渡河的，但为了抢功，阵型比池田恒兴好不到哪里去。再加上他要更靠近京都中心，所处的街道更加杂乱复杂，部队散落在其中，根本指挥不过来。就在他好不容易恢复了一半部下的指挥后，池田恒兴的败兵就从一条京都的大街上退了过来，把他的部队给冲乱了。三好长逸趁机掩杀，结果泷川一益也没能形成抵抗，就继续向南边败去。
而此时，仙洞御所和京都御所内的三好义贤所部也趁机展开反击，联军瞬间因为不熟悉京都大街小巷的复杂地形而陷入混乱，只得狼狈地向京都外围退去。京都作为一个往日里的繁华城市，居住着大量的居民，随着兵灾波及到了京都，那些没来及逃难的居民也纷纷四处逃窜，加剧了混乱。再加上此刻剧烈的西北风，位于下风口的联军更加雪上加霜。
“哪里有平地？哪里有空旷一点的地方？”此刻，浅井长政正率领着侍卫策马奔走在混乱的京都里，试图寻找一个开阔地。终于，他在仙洞御所东边的湖畔，找到了一个可以容纳近千人的空地。
“雄鹰备，立刻列阵！”浅井长政高呼了一声，旗手立刻开始熟练地摆动旗帜。在一片混乱中，联军大多数战兵都已经失去了建制和指挥，狼狈不堪地如无头苍蝇一样乱撞。但是，按照雨秋平的现代训练法一手练出的1000雄鹰备，却依旧维持着高昂的士气和纪律
。他们在接到了浅井长政的命令后，立刻开始在平地里进行列阵。虽然由于时间有限，环境混乱，浅井长政只在仓促之间集结了500人，不过这已经足够了。他立刻下令这500雄鹰备沿着大街反击回去，把试图追击的三好义贤所部给干脆利落地打退，为联军的撤退赢得了时间。
而另外一个保持了建制和指挥的丹羽长秀所部，也从侧面对三好长逸进行反击，迫使三好长逸停止了行动，而不得不转向应付丹羽长秀。
由于三好军的数量实在有限，而联军的反击和撤退也很及时，并没有受到太大的伤亡。不过，由于建制混乱，对于京都的进攻不得不暂时停止。池田恒兴、泷川一益、森可成还有浅井家的大部分家臣，此刻都逗留在京都外围，在一片乱兵中重新集结自己的部队，把他们恢复建制。
巳时四刻，得知北路军在京都受挫的织田信长暴跳如雷。其实北路军遇到的麻烦并不算大，他们面前的三好军依旧只有他们的一半左右。等到他们整顿好了部队，不再犯轻敌大意的错误，而是老老实实地进攻时，京都的压制只不过是时间问题。
然而，织田信长却依旧忍不下去了。在这样激动人心的旷世大战里，他整整一个上午都只能坐在音羽山上干看着，对于生性不羁，渴望战斗的他实在是太难熬了。而北路军和南路军却又连连犯错，进度一再拖慢，更是消磨光了他的耐心。
“这些猪头脑子，到底有什么用啊？”织田信长对着京都的方向破口大骂。随后，他随手从一旁的架子上扯下自己的黑色披风，往胸前一系，就大踏步地走出了清水寺。
“传令！”织田信长站在山腰上高呼道，“织田家直辖，柴田所部，佐久间所部，随我一同出兵！”
“向西北走！先打下六波罗蜜寺，然后渡过鸭川折而向北，全军夹击京都！”
“那主公，渡过鸭川后，西南那边的东寺还有西边的二条城不管了吗？”明智光秀更在织田信长身后，出于谨慎还是提醒道，“那里都可以因隐藏大量敌军。”
“不管了！慢死了这些人！余的眼里只有京都！三好长庆估计早就夹着尾巴灰溜溜地逃了，要是他不想撤退，怎么可能把音羽山这战略要地让给我？”织田信长边说边指了指脚下的音羽山，“要是想合战的话，音羽山就是他最好的阵地。三好修理又不是不知兵的人，他既然都抛弃了音羽山，肯定早就撤退了。”
织田信长于是转过身来，面朝着山下的大军，振臂高呼道：“去建功立业吧！织田家的勇士们！谁先进入京都，就将成为名垂史册的武士！”
“嘿！嘿！吼！”已经忍耐了半天的织田家中路军，早就受够了当看客的滋味。一接到进军的命令，而且目标地还是京都，所有的武士和足轻都是热血沸腾，跟着织田信长一起振臂高呼。
巳时五刻，织田家中路军5800战兵从音羽山上呼啸而下，直奔六波罗蜜寺而去。
正在围攻冈崎神社的雨秋平，由于三好义兴的顽强抵抗，进展不算太快。这三好义兴不愧是前世令松永久秀都颇为忌惮的三好家继承人（松永久秀在篡权前特意毒杀了他），果真有点水平。就在局面僵持不下时，雨秋平忽然看到音羽山上
冲下了近6000战兵的庞大队伍后，不由得吃了一惊。
“主公这就要发起总攻了？”雨秋平看了眼天色，发现还没到正中午，“至于吗？时间还早啊？”
“可能是北路军连续受挫，大殿等得不耐烦了吧。”更在雨秋平身边的直江忠平推测道，“不过这样也好，有主公这5800主力增援北路军，从京都南边包抄，京都肯定是拿下了。”
“那可不好说。”雨秋平连连摇头道，“三好家军中战斗力最强的三好修理大夫本部和十河一存所部还一直没有出现，大概率就是留在二条城里。”
“我害怕主公的性子，到时候急着直接北上京都了。”雨秋平看了眼地图，有些担忧地叫来了一个传令兵，“你去和主公说一声。渡过鸭川后，不要急着北上包夹京都，先派人去西边的二条城看一眼，说不定三好家的主力就隐藏在二条城里呢。”
不多时，中路军就占领了空无一人的六波罗蜜寺。织田信长下令部下用过午饭后，立刻向西渡过鸭川。而横在他们面前的，就是京都南边的寺庙群。在其中，有着岩成友通的近1000战兵驻守。
“前面的那座寺庙叫什么？”织田信长骑在高头大马上，用折扇遥遥地点了点前方靠着鸭川的一座寺庙问道。
“叫做本能寺。”明智光秀作为一个在京都居住过的人，对这里的人文地理颇为熟识，“是一座法华宗本门流的寺庙，但是却多次被大火焚毁，因而被人们称作不祥的寺庙。”
“不祥？有意思？”织田信长闻言哈哈大笑，颇为不屑地打趣道：“等余哪次要在京都暂住，就要下榻在这本能寺，看看它到底有什么不祥。”
“主公说笑了，这样不祥的寺庙，还是避开为妙。”明智光秀闻言皱了皱眉头，有些不满地提示道。
“管他那么多呢，进攻！”织田信长大手一挥，柴田胜家和佐久间信盛就率领所部向着寺庙群发动猛攻。岩成友通的部队战力和柴田胜家、佐久间信盛自然没法比，兵力上更是处于劣势，顶法寺和本隆寺这两个防守核心阵地先后沦陷。而本能寺周围没有什么防御设施，更是无法坚守，岩成友通于是只好向着北边的京都退却。
就在织田信长准备下令全军追击前，雨秋平的使者却来了，提示织田信长注意西边两里外的二条城，那里有可能隐藏着地方部队。
“呦，光秀，红叶倒是和你想到一块去了，难怪你俩那么聊得来。”织田信长闻言又是大笑起来，“整天畏首畏尾的，觉得全世界都是伏兵。”
“那就派人去看看吧。”织田信长于是下令直政带领着马众前去侦查二条城。不一会儿，直政就带着人回来了。
“主公，在下探遍全城，二条城空无一人。在下已经在二条城天守阁里插下了我们织田家的旗帜。”直政恭敬地汇报道。
“看到没有，杞人忧天了吧。”织田信长得意洋洋地在明智光秀的脑袋上用折扇敲了一下。明智光秀脸色一红，似乎对这一的举动感到很不舒服。
“通报全军，二条城以及被我们占领了，三好修理抛下部下，已经和辅兵撤走了！”织田信长兴奋地高声喊道，“现在，全军听令！目标京都，前进！”