随着形势的变化，袁世凯终于开始起兵，并发出两道通令（民国2年7月），第一道是致各省宣布意旨电：
“余以衰病余生，伏处已久，稍有田园之乐，自问已无事可为。此次出山，实缘事机危迫，不忍见人民陷于牛马奴隶之域，故冒万险，膺兹艰巨。受事以来，始终以尊重人道主义，及适合世界大势为主旨，苟可和平维持，决不轻事破裂，并非兵力有所不足，实缘民困已极，不堪再受战祸，一年以来弥缝迁就之苦衷，当为国民所共谅。现在财政、外交触处荆棘，国家运命旦夕可危，凡有血气之伦，自应以同舟共济之心，为披发缨冠之计，决不肯再言破坏，自取覆亡，乃若有之，则亦二三不逞之徒，生性好乱，必不能得多数国民之同情，本大总统若再曲予优容，便与此辈同为亡国祸首，非惟辜负众望，实亦矛盾初衷，惟有牺牲一身，保全大局，竭我棉力，殄此么魔。诸君各膺疆寄，必有同心，愿共勉之。”
第二道是为了“赣乱”的通令：
“共和民国，以人民为主体，而人民代表，以国会为机关，政治不善，国会有监督之责，政府不良，国会有弹劾之例。大总统由国会选举，与君主时代子孙帝王万世之业，迥不相同。今国会早开，人民代表，咸集都下，宪法未定，约法尚存，非经国会，无自发生监督之权，更无擅自立法之理，岂少数人所能自由起灭，又岂能以少数人权利之争。掩尽天下人民代表之耳目。此次派兵赴浔，迭经本大总统及副总统一再宣布，本末了然，何得信口雌黄，借为煽乱营私之具。今阅欧阳武通电，竟指为袁军，全无国家观念。纯乎部落思想。又称蹂躏淫戮，庐墓为墟等情，九江为中外杂居之地，万目睽睽，视察之使，络绎于途，何至无所闻见。陈廷训之告急，黎兼督之派兵，各行其职，堂堂正正。何谓阴谋？孤军救援，何谓三道进兵。即欧阳武蒸日通电，亦云李烈钧到湖口，武开两团往攻等语，安有叛徒进踞要塞，而中央政府该管都督撤兵藉寇之理？岂陈廷训、刘世均近在九江之电不足为凭，而独以欧阳武远在南昌之电为足信？岂赣省三千万之生命财产，独非中华民国之人民？李纯所率之两团。独非江西兼督之防军？欧阳武以护军使不足，而自为都督，并称经省会公举。约法具在，无此明条，似此谬妄，欺三尺童子不足，而欺天下人民，谁其信之！且与本大总统除乱安民之宗旨，与迭次之命令。全不相符，捏词诬蔑，称兵犯顺，视政府如仇敌，视国会若土苴，推翻共和，破坏民国，全国公敌，万世罪人。独我无辜之良民，则奔走流离。不知所届。本大总统心实痛之。本大总统年逾五十。衰病侵寻。以四百兆人民之付托，茹苦年余。无非欲使黎民子孙免为牛马奴隶。此种破坏举动，本大总统在任一日。即当牺牲一切救国救民。现在正式选举，瞬将举行，虽甚不肖，断不致以兵力争擅权利，况艰辛困苦，尤无权利之可言。副总统兼圻重任，经本大总统委托讨逆，责有攸归，或乃视为鄂赣之争，尤非事实，仍应责成该兼督速平内乱，拯民水火，各省都督等，同心匡助，毋视中华民国为一人一家之事，毋视人民代表为可有可无之人，我五大族之生灵，或不至断送于乱徒之手。查欧阳武前日电文，词意诚恳，与此电判若两人，难保非金壬挟持，假借名义。俟派员查明再行核办。此令”。
随后又发布如下的命令：
“湖口、徐州等处暴徒倡乱，政府为整肃纪纲，维持国本起见，不得不以兵力戡定，迭经先后布告。本大总统躬承国民付托之重，值此变出非常，荡平内乱，责无旁贷，耿耿此心，当为我国民所共谅，各友邦所悉知。惟恐传闻之异词，或以方针之未定，国民以姑息养奸所责备，外商以身命财产为隐忧，若不明白宣告，使我全国人民咸知顺逆从违之所在，各外商共悉镇乱靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？为此通令，条举三端：一、该暴徒勾煽叛兵，僭窃土地，擅行宣布，破坏民国之统一，扰害地方之治安，此等行为，实为乱党，政府不得不依照国家法律以兵警戒。是用兵定乱，为行使约法上之统治权，民国政府当然有此责任。二、各国商民之通商传教，载在条约。凡有乱警地方，该地司令官均应照约实力保护，务使各外国人之身命财产，不致因乱事稍受危险。嗣后各该地方之外国人所有身命财产，如因镇压变乱而直接受有损失者，民国政府必完全负其责任。三、乱党到处勾结，如有本国人与之订立一切契约，而影响可以及于国家或一地方者，无论用何种方法，及何种名义，民国政府绝不承认。以上三端，自本令发布以后，应由各该地司令官通行布告。仍着外交总长行文驻京各国公使查照，以副友邦热诚赞助之雅怀，而示本大总统除暴安良之至意。此令。”
随后袁世凯制定了针对湘、赣、皖、苏四省的佣兵方阵重点；而以京汉铁路和津浦铁路为交通运输线；以武汉、徐州为进攻出发地；以海军策应陆军作战；拉拢滇、桂、黔三省军队作为牵制力量。为实现这个作战方针，确定了如下作战部署：
1、沿京汉路南进的部队，主要攻击目标为湘、赣、皖三省。以驻信阳的北洋第六师为主力，河南第一师及混成旅为预备队，由鄂向赣进攻；以驻皖北的倪嗣冲所部、河南雷震春地护军一部以及赵倜所部毅军，进攻皖省；北洋第二师为京汉路方向总预备队。另以北洋第六师一部和黎天才的湖北第一师一部，分别驻守武昌、汉阳、汉口。黎师另一部及雷震春护军备补兵一部，自荆州至新沟、蔡甸一带设置防御阵地，警戒湘省。
2、沿津浦路南进的部队，主要攻击目标为江苏南京。以驻鲁南的北洋第五师、驻兖州的张勋武卫军为主力，驻天津的北洋第四师、山东混成旅之一部为预备队，经徐州进攻南京；山东混成旅另一部防守济南；扬州徐宝山部为牵制部队。
3、以拱卫军、北洋第二师一部并奉军一部，负责防守北京。
4、以驻张家口的何宗莲第一师为机动部队，防备粤军由海路北上，或准备由海路南下攻粤。
5、姜桂题毅军驻张家口一带。防御蒙军袭扰。
6、调闽军一部进驻上海。并调驻西陵、南苑、定县等处地第三师一部随往。以防不测。
7、第三师及第一师另一部由海路运往南方。登陆地点临时决定。
此外。对由革命党人任都督地湖南、广东。也作了相应部署。对于湖南。一旦谭延响应讨袁。即三路出兵进攻：一路由贵州地唐继尧派驻在镇远地部队直下常德；一路由陆荣廷派广西地部队由南向北进攻；一路由黎元洪派部队由岳州向南进攻。对于广东。若陈炯明宣布。则任命副护军使龙济光为广东都督。令其率所部进攻广州。另派海军游弋于闽、粤海面。以防止闽粤两省与南京联为一体。
在袁世凯陆续派兵南下。战争端倪明显可察地情况下。孙中山再次呼吁革命党人丢掉幻想。实行武力讨袁。他指出：“除从速起兵以武力解决之外。实无其它办法”。孙中山分别致电湘督谭延和粤督陈炯明。要求他们立即宣布。进行讨袁。但谭、陈在回电中均借故推诿。孙无奈。欲亲自赴粤发动讨袁。当即被人劝阻。孙又提议由陈其美先在上海宣布。打响讨袁第一枪。陈其美、黄兴等人坚不同意。认为“据数里之地以抗敌。犹执卵投石”。此时。驻沪海军前来接洽。愿意宣告。孙甚喜。建议海军由海上进攻津沽。陈其美等人反对海军先发。认为“须海陆并起”才行。不久。驻沪海军奉袁世凯命令开赴烟台。孙闻讯后。急欲劝阻。指出：海军“开赴烟台。恐将生变”。陈、黄则认为“海军既表同意于先。断不中变于后”。结果。海军北上后即被袁控制。
孙中山别无他法。决定派人去策动南京第八师几个忠于革命地营长。先“冒险一发”。以树立讨袁地旗帜。黄兴初则力言不可。认为那样将使“八师先自相战斗”。后见孙中山主意已定。并准备亲往南京。只好服从孙地意见。遂定下武力讨袁地决心。但黄又认为孙“不善戎伍”。且恐孙“轻身陷阵”。遭到不测。为留孙“以任大事”。便自告奋勇代孙前往南京指挥作战。