自从多功兵败后，定国与马元利遂奉命引军退往顺庆驻扎。这日，忽有张献忠圣谕传来，令定国即刻返回成都。
临行前，定国找来马元利，对其言道：“想当初咱们入川时，这川中诸府何其繁华？只要有兵，何愁无饷！不想这才过了一年光景，蜀地已然荒凉至此，有民之处尽是敌人，无民之处一片瓦砾！各处乡村，我大西军来则收耕闭寨，去则出耕回家，我军屡屡筹粮不得，只能破寨取粮，屠戮良民无数！每每念及至此，我皆痛心不已，却又无可奈何！”
马元利亦点头称是道：“殿下所言极是，如今川北各州县皆是如此！长此以往，我大西朝必将民心尽丧！此去西京，殿下何不奏请老万岁，将讨伐叛逆之事暂缓，令各军购牛屯垦，先行解决军需供给问题。一旦解决军需困境，便可以不再扰民，继而抚民归耕，填实州县，此方为长久之计啊。”
定国虽深以为然，但还是不禁叹息道：“如此虽好，但即便我不去攻人，别人却亦要来攻我，如之奈何？”
见定国心有疑虑，马元利当即又说道：“殿下差矣，曾英和王祥的境况又能好到哪里？当今之势，用兵者速亡，不用兵者方能长久！我军虽无力反攻，然防守依旧绰绰有余，倘若明军来攻，乃是自取灭亡之道也！”
定国听后终于下定了决心，旋即留下马元利驻守遂宁，而后独自返回成都，面见张献忠去了。
待各路主将齐聚成都，张献忠遂在承天殿召集文武百官前来，共商攻略重庆之事。
张可旺率先言道：“我军日前大破杨展、王祥等诸路明军，兵锋正盛，士气可用，奈何钱粮不济，无法持久。只要能确保军粮正常供给，儿臣便有把握一举夺回重庆！”
张献忠听罢，重重地一拳砸向御案，愤而言道：“鸟！过去打战，老子从来都是指哪打哪，何曾像过今日这般磨磨唧唧？咱们从前何时考虑过粮草之事，为何到了今日，没有粮草反倒不能出兵了？”
定国连忙上前解释道：“父皇息怒，今时不同往日，那时我军流动作战，并无巢穴羁绊，哪里有粮，便往哪去，粮尽则另走他处。如今既已立国，出师征剿，进有目标，退有归宿，如此一来便难以再随地就取了。譬如此次攻取重庆，大军经行之处，皆是我大西领土，百姓皆我子民，必须顾恤民力，不能强加摊派，如此一来，行军作战，自然必须先保证粮草供给，无法再如过去那般随心所欲了。”
张献忠听后沉默了良久，方才说道：“鸟，人人都说当皇帝好，为啥老子自从称了帝，建了国，反倒没有从前痛快了！”
面对粮草不济的窘状，张献忠不得不放弃了继续攻打重庆的计划，吩咐散会，并把汪兆龄单独留了下来。
“汪丞相，老子寻思着，从前四川一省能有多少官吏，可自打老子登基，又增加了多少官吏？以四川一省之力供养这么多官吏，如何不会坐吃山空？你且去替老子查查，将所有不重要的衙门，还有多余的官吏，全都给老子裁了！”张献忠捋着长髯若有所思地说道。
汪兆龄抬起头，试探地问道：“陛下，当裁汰多少官吏合适？”
张献忠思忖了片刻，这才发话道：“就比照旧明时蜀地官员的数量定吧，只少不多！”
汪兆龄眼珠一转，继而向张献忠建议道：“但是当初咱们设置这么多官吏，乃是为了羁縻那些缙绅，使他们为我所用。如今骤然裁汰，怕对我朝不利！依微臣之见，与其将他们散归州县，倒不如加以罪名逐一诛杀！一来可以震慑那些摇摆不定之人，二来可以抄没其家产充入国库，以为军饷。如此杀一官即裁一缺，可谓一举多得也！”
献忠闻言大喜，立刻令张可旺照此去办，尽快罗织罪名，诛杀朝中多余官吏。
当此时，邛崃、雅安一带的缙绅、土豪纠集武装，接连反叛大西，又有曾英控扼重庆；樊一衡占据泸州；马乾坐镇内江；涂龙屯驻纳溪。原本已经归附大西朝的摇黄十三家也见风使舵，突然反戈一击，接受了督师王应熊的招抚，与大西军作对。一时间，大西政权可谓是四面楚歌，危机重重。
随着形势愈发恶化，川北地区的缙绅、土豪俱将大顺年号用马粪涂抹，改作弘光年号。同时组织民军袭击大西军，攻打地方州县，屠杀大西官吏。
那些被抓到的大西官吏，或在署衙被当场杀死，或被架到火上烤死，或投入水中溺死，或被抽筋剥皮，活活疼死。许多大西官吏赴任不到数日就被杀死，有的县甚至短短数月就有十几名知县接连被杀。
在这场旷日已久的川中内战中，张献忠的两名义子右军府都督张化龙，及张广才也相继在民军的袭击中殒命。
坐在承天殿上，望着如雪片般纷至沓来的告急文书，张献忠暴怒不已，只见他一把掀翻御案，大声咆哮道：“老子待蜀獠最好，而蜀獠每每要反，负朕之极！负朕之极！”
张献忠感觉自己肺都要气炸了，现如今一心想着只有杀人！偏执报复的情绪早已攫取了他的心智，令他无法冷静下来。但见张献忠突然抬起头，望着承天殿上方金碧辉煌的穹顶，口中不停重复地喃喃自语道：“我命在天，人命在我，四方有路，在劫难逃！川人负我！必须以血还血，以牙还牙！”
在这场席卷四川的叛乱浪潮中，到处活跃着读书人的身影，汪兆龄早就摸透了张献忠的心思，当即迎合道：“农、工、商、士是为四民，而士又乃四民之首！陛下不如再设科举，假托遴选真才之名，将那些两面三刀的读书人全都诱来西京，然后一网打尽！正所谓鸟无头不飞，人无头不走，只要除掉这些人，纵使百姓再多，又能闹腾出什么事来！”
张献忠听罢，不禁拊掌叫好，立刻传旨各州县，曰：“朕因两科取士无人，定于本年八月再开特科，网罗文武全才。全川士子即刻赴京应试，凡属贡生、秀才、监生，有规避不赴者，着州县官拿办，本人剥皮，全家处斩，邻里连坐，地方教官砍头！”
在张献忠这份杀气腾腾的圣谕督促下，各州县士子相继来到成都，张献忠于是下令将他们安置在大慈寺，并派数千名士兵严加监管。
这大慈寺内原有近千名僧人，当初大西军破城之时，因藏匿了一名宗室，全寺僧人皆被大西军屠戮殆尽，荒废了许久，现如今正好供诸生居住。
除了无法自由行动外，这些士子的伙食倒还不错，每天半升小米，每三天还有一顿肉吃。就这么过了十几天，一日清晨，汪兆龄突然全副戎装，带着张献忠的圣旨来到寺中。
诸生赶忙跪倒听旨，只听汪兆龄捧着圣旨，高声诵读道：“奉天承运皇帝，诏曰：朕每日劳碌，无暇顾及大家，让大家久等了！今特令各处教官将所辖诸生领回原籍，待明年春天，再另行组织考试。钦此！”
士子们听说可以回家，不禁欢呼雀跃，一齐高呼万岁，连连谢恩。
汪兆龄旋即命人在寺门口离地四尺处挂起一根麻绳，下令年幼者及身高不足四尺者，不得迈出寺门一步。结果除了两个身材矮小的士子被留寺中，其他诸生皆兴高采烈地出了寺门，以县为单位排成十余列，每列皆有一名大西军士卒领头，高举一面白旗，上书“某府某州某县生员”字样。
从大慈寺到南城门一路，有数万名大西军将士全副武装，夹道三层站立，中间只留下一条小径供诸生通行。
诸生尚不知祸在眉睫，互相有说有笑地鱼贯来到城门前等候，不想才刚一出城，就被早已埋伏好的刀斧手打落行李，剥去衣服，径直牵到南门桥上，砍入水中。
如此一队接着一队，依次屠杀，直到半夜方才全部斩杀干净，一时间南门桥下河水皆被血水染红，积尸阻流，直到十几天后，方才飘荡而尽。经此一番，被杀诸生多达两万两千三百余人，惟有两名高不及绳的年幼士子得以幸免于难。
在杀光诸生之后，张献忠认为识文断字的医师也是危险分子，于是下令将全城医师尽数聚集至皇宫之中，又让太监搬出原先蜀王府中的一具医用铜人，将铜人身上穴位全部用纸盖住，让众医师上前扎穴，但凡有一个穴位扎错，即刻处死。
在如此杀气腾腾的场面下，又有几个人能够气定神闲的认准穴位，一场考试下来，城内医师便被杀掉了一大半。
紧接着，张献忠又下旨将成都附近的和尚、道士、工匠艺人全都抓了起来，准备将他们斩尽杀绝。
定国和文秀闻讯急忙赶进宫中面见张献忠，见到张献忠，定国和文秀二话不说，扑通一声跪倒在地，砰砰地连磕了几个响头，待他们再抬起头，额头上早已是鲜血淋漓了。
“你们这是做什么？赶紧给老子起来！”张献忠望着两名义子，满脸的惊愕。
“儿臣请求父皇停止杀戮，放过那些无辜百姓吧！”定国和文秀几乎异口同声地劝谏道。
张献忠大怒道：“鸟！什么时候轮到你们这些小子来教老子？再不起来，休怪老子不客气！”
不想等了许久，二人依旧跪在地上没有起来，腰杆却挺得笔直，空气中充满了紧张的气氛。见此情形，张献忠忽然冷笑一声道：“好啊！你们两个翅膀硬了是吧！就连老子的话都不听了！来人，给老子将这两个不肖子打入大狱，听候发落！”
立刻就有御林军从殿外一拥而入，将定国和文秀二人按住，径直押往大狱。
正当张献忠大开杀戒之时，成都的孔庙忽然骤起大火。张献忠得报心中忐忑，连忙询问汪兆龄道：“汪丞相，这火起得蹊跷，莫非是孔夫子不愿让老子杀这班读书人？”
汪兆龄赶忙献媚道：“陛下勿扰，此乃孔夫子告诉咱们，四川的文运走到了尽头！”
张献忠听罢顿时放心下来，遂下令各州县将那些被杀戮的诸生家眷全部押解入京，然后将这些人赶至城郊早已挖好的万人坑前，尽数推入坑中，活埋而死。
至此，全川读书人皆被张献忠屠戮干净，惟有雅州的士子得以幸免。原来当时雅州士子接到张献忠特科取士的圣谕后不敢怠慢，连忙纷纷启程奔赴成都。
然而上南道御史郝孟旋听闻此事，断定这是一个骗局，在良心的驱使下，他火速伪造了一份诏书，派人追上本州士子，令他们速速回转，这才逃过一劫。
诸生感念郝孟旋的恩德，皆情愿追随其起兵造反。郝孟旋立即联络雅州附近的明军，里应外合逐杀了城中的大西官吏，并在城头树起一面“中兴大明”的旗帜，正式拉起一支人马，号称“匡正营”。