范汪虽然高傲，真要认可一件事，做起来也是很用心的。不过数日功夫，他就开始召集书院的老师们一起编纂书院的教材。为了使教材更加权威，他还写信给不少精于儒学的名士，邀请他们来为儒家的经典做注。刘牢之相信，在这些学者相互交流激辩的过程中，一定能相互提高，也可以为学院提供更好的学术氛围。
刘牢之自然是没有能力去编纂教材的，他除了吩咐校监焦暖好好为编纂教材的先生们做好后勤保障，还开始完善学校的各项规章制度，尤其是针对学子入学和毕业的。
以往南山书院的大门是对所有人敞开的，不管是谁，只要有一定的学识基础，都可以入书院学习；学生如果想要离开，书院也不会挽留。顶多是有些学子学业优秀，为老师青睐，引为“入墙弟子”而已。这样一来，学校固然可以营造出自由的学术气氛，但是管理起来也很是麻烦。
刘牢之建立南山书院，最主要的目的还是为了让刘家子弟学校毕业的优秀学生，有一个学习深造之处。前几年，刘家的子弟学校没有什么毕业生，可以由着范汪等人的性子，在这里按照时下的惯例教学。现在刘家在各处开办的学校，每年都可以提供不少优秀的毕业生，自然不再需要吸引外来的读书人来装门面。那些慕名而来的读书人，看中的往往是范汪这个山长的名气，对于为他们提供学习环境的书院，很少有人心存感激，所以刘牢之决定改变这个现状。
于是短短两个月的时间，南山书院便经由校监陆续颁布了《学籍管理办法》，《考试管理条例》，《学生管理条例》等等一系列加强学生管理的规章制度。
按照《学籍管理办法》，书院要求所有在读学生必须全部登记学籍。每门课程都有一定数量的“学分”，课程结束之后，老师会组织考试，对学生进行考核。只有考核合格的学生才可以获得该门考试的学分。书院的学生从入学到毕业，正规的就读时间是四年，特殊情况可以延长两年。六年内不能毕业的学生，开除学籍。
南山书院每年分春秋两次招生，每次招收的名额为八十人。除了由书院正式招收的学生，书院里的老师每年可以接纳二十名游学的学子。这些外来的学子，需要有书院认可的人推荐，也要有书院的老师同意接收，相当于“保送生”。
按照《考试管理条例》，每门课程的考试，由任课教师组织考试。学校的招生、毕业考试，则是由书院组织人手命题。每次考试，按照成绩排名，都必须有一定比例的优秀和不合格者，用来鞭策学生努力学习。不管是什么形式的考试，考试的范围都是明确的，而南山书院限定的入学考试范围，就是刘家子弟学校里的教材……
按照《学生管理条例》，每个月有八天的休息时间，在休息的时间里，老师可以根据兴趣开坛讲课。学生不可以缺席所选的课程，缺席时间超过二成，则本次的课程平时分为零。除此之外，条例还对学生在校期间的一些行为做出了规定，比方说，不允许喝酒和打架。这些规定让书院里这些散漫的学生，顿时满腹牢骚，甚至有些人干脆就离开了学校。
“不服管教的人，再有才书院也不推崇，要走就趁早正好腾出地方来招纳新生。”刘牢之对这些人的行为嗤之以鼻。
南山书院的学生毕业后，成绩优秀者可以申请成为学校的助教，也可以在学校的出版社里修书，或者到刘家的子弟学校任教。这些人可以保留学籍，随时出入书院。在这三个地方做事满三年后，便有资格由书院或者刘家推荐入仕。这几年通过刘家出仕的寒门子弟着实不少，这样的条件对于像何穆、高素这样的官宦子弟或许没有什么吸引力，但是对出仕无门的底层读书人，却是非常诱惑的。那些没有出仕门路的寒门读书人，纷纷跑到南山书院里读书，有些学识比较高的人，则直接被安排到了学校的出版社里修书。
书院的这些规章制度的实行，对那些潜心读书的人没什么影响，像虞真的丈夫徐邈，现在留校做了助教，除了协助老师范汪整理儒家经典，以及在书院的出版社修书之外，他也开始开坛授课，在南山书院里，已经小有名气。
不过像何穆这等官宦子弟，出仕不愁，也并非潜心向学的人，对刘牢之如此收紧学校的管理，便不太满意，私下里找过刘牢之好几次，向他多次抱怨。按照刘牢之对在校学生的审查，像何穆这样的人，在书院呆的时间已经不短，被刘牢之划为了“毕业班”，也就是一年之内准许毕业。何穆来书院本来就是为了迎合潮流，结交些朋友，这样一来倒成了很快就要被书院撵走的人了。
“阿舅不要烦恼！从书院里毕业出来之后，可以到书院的出版社里面修书，在那里一样可以增进学问，还可以继续到书院里面听老师们讲课。他日阿舅所修的书发行于天下，阿舅的大名也就被天下读书人所熟知了！”刘牢之只好如此劝解着。这些规矩又不是针对何穆定的，刘牢之自然也不会把他排除在规矩之外。
此时私人修书或者为书做注蔚然成风，范汪之子范宁因为父亲的缘故不为桓温所容，无法正常出仕，干脆在南山书院的出版社里做了“编辑”，带着一帮年轻人修书。范宁和父亲范汪一样推崇儒学，反对魏晋以来占主流的玄学。范宁对春秋深有研究，认为春秋三传各有所短，“左氏艳而富，其失也巫；谷梁婉而清，其失也短；公羊辩而裁，其失也俗。”听说他这段时间正在为《春秋谷梁传》做注。