教廷这边呢，本来也是愿意做出一些让步来拿回法国教区，但是又担心这些让步会成为其他教区学习的坏榜样。到时候，大家一个个的来一个“法国摸得，我摸不得”，来一个学习法兰西好榜样，那可怎么办？
圣座甚至提出，法国的这些条件其实也不是不能商量，但是最好作为协定的保密部分，不对外公开，以免过分的损伤了教廷的面子。
但是法国人却表示，我们法国是民主国家，我们的人民，对于我们政府的各种工作，都是有知情权和监督权滴。所以这样的要求是违背了法兰西立法的原则滴，是毫无可能滴……
这话大家都知道纯粹是鬼话，因为无论是法国和西班牙人签订的条约，还是法国人和奥地利人甚至是普鲁士人签订的条约中，都包含有不少的不公开的秘密条款，甚至有些秘密条款，就连它的存在都是秘密。
当然，这样做也是有理由的，因为这是为了保护“国家机密”，是为了保卫人民。反正，只要你学会了如何在一个平面上搭建两个坐标，这个世界上很多事情就都是可以说得通的了。
其实法国人的意思也简单，因为如果这些条件能够公开，那当然是对教廷威严的打击，但却是对提高法兰西，尤其是法兰西的第一执政的威望是大有作用的。既然如此，无非就是要在牺牲法国的利益和牺牲教廷的利益之间做一个选择题了。该怎么选，这不是明摆着的吗？
所以法国的代表就毫不犹豫地说出了那句话。
这句话一出口，教廷这边的谈判人员顿时人人变色。因为这个话里面包含着很重的威胁的意思。
所谓的“我国一开始在政治上一直打算实行君主立宪，并没有打算成为共和国。但是有些人不愿意，结果法国就成了共和国”，讲的是路易十六不愿意老老实实地接受君主立宪制，放弃一部分权力，结果整个的统治都被推翻了，自己也上了断头台。
而所谓的“如今共和制的法国，已经愿意接受一个君主立宪的教会了，我个人觉得，这已经是非常有诚意的表现了”这就是在拿教廷和路易十六做类比了。教廷不愿意接受一个基本上独立于教会之外的教区，就像路易十六不愿意当一个立宪制下的国王，一定要恢复专制统治一样。路易十六没有接受法国人民的善意，敬酒不吃吃罚酒，于是他被送上了断头台，他的王朝也随之而烟消云散了。
如今，教廷如果坚持向法国低头，那就是不肯接受法国人民的善意了，那当初法国人民怎样对付路易十六，现在就可以如何对付教廷。这已经不是将教皇请回阿维农去的问题了，而是直接暴力改造教廷结构的问题了。
于是教廷便提出暂时休会，他们需要向教皇请示。
然后，当天晚上，一位主教偷偷地去拜访了法国使者，在向法国使者行贿了二十万法郎之后，他终于从法国使者那里得到了一段提示。几天之后，法国终于和教廷达成了协议。
在这份协议中，法国人的要求基本全都得到了满足，当然教廷也得到了他们需要的面子，法国人同意将法国教会的特权作为保密内容，不予公开。但是在协议中也会公开地告诉大家，法国教会得到了一些特权，只是这些特权涉及到国家安全，所以并不公开。
在达成了这样的协议之后，天主教终于可以重返法兰西了。不过那些在九三年，被驱逐出去的教士们，在返回法国的时候却发现，法兰西教会中的那些最重要的位置，已经不再属于他们了，而他们甚至还需要经过新的法国教会的封闭学习以及考试才能重新开始教职。
在训练班课间休息的时候，两位中年学员凑在一起发起了牢骚。他们当初在法国，都已经是教会的中层了，如今却一下子跌落到了底层，难免会有一些怨言。
“听说，这些花样都是我们的那位新的那位宗教局的局长弄出来的。我听说他当年在神学院的表现很一般，甚至都没能获得正式的牧师身份。如今却成了我们的顶头上司，这真是……”
“老实说，这还不如让塔列朗来当宗教局长呢。虽然他是教会的叛徒，但好歹他以前也是大主教，而且是个贵族，还有我们的那位红衣主教，甚至根本就没有……”
“你们不要命了？”一个声音在他们身后响了起来，两个人转过头去，却看到了另一个和他们一起从国外回来，接受培训的预备牧师雷纳尔。
“你们难道忘了，局长阁下的赫赫威名？你们难道不知道，那位阁下是靠什么登上高位的？你们怎么敢……你们要知道，能够回国，对我们是一个难得的机会。
在其他地方，我们都是外来者，但是在法国，现在我们虽然只是下层，但是法兰西的教会现在非常缺乏真正有足够的积淀的神职人员。越是高层，越是如此。
所以，只要我们表现得对新政权足够忠诚，我们的提升会非常快的。但这一切的前提，就是忠诚。”雷纳尔牧师道，“不要把在国外的坏习惯带回法国来了——我们是一起回国的。如果你们不能改掉在外国时候的坏习惯，那就不但会害了你们自己，也会牵连到我……”
说到这里，预备牧师雷纳尔的脸上露出了残酷的笑容：“我绝不对允许这样的事情影响到我，你们明白吗？这是我对你们的第一次，也是最后一次警告。”
说完这话，雷纳尔预备牧师便转身离开了，剩下两个目瞪口呆的家伙站在一边发愣。
这位在新建的机构——宗教局兼任局长的人不是别人，正是富歇。
在富歇看来，论起弄情报，教会实在是太有用了。因为牧师们的一个重要的工作就是听别人忏悔。而在这个过程中，他们就可以掌握大量的秘密。只是，因为教会有很多宣传上的功能，所以，教会的直接控制权落在了吕西安的“真理部”手中。而富歇也就只能退而求其次，通过宗教局，来对教会施加影响，并利用它来获得情报了。
从某种意义上来说，富歇提出这么一个培训班，其中的一个重要的目的就是借这个机会，在这些人中发展他的密探。
当然，据说，依照教会的规矩，牧师们是不会，也不允许将他们在忏悔室中听到的消息传播出去的。甚至因此有了这样的一个笑话：
某人被错当成了杀人犯，蒙冤入狱，并被判处了死刑。在就要上绞刑架之前，一个牧师来为他做最后的忏悔。
“牧师，我真的没杀人，那个人他真的不是我杀的。”那人对牧师说。
“啊，孩子，我知道。全城的牧师都知道你没有杀人。但是我们都不能说。”牧师充满悲悯地回答道。
但如果你真的以为牧师们会这样守口如瓶那就错了，如果真的这样，瑞纳夫人和于连的那些风流韵事又怎么会被别人知道？在合适的时候，利用这些情报，本来就是教会得以壮大的技巧之一。所以那些培训班的学员们中稍微聪明一点的，对富歇的招揽其实并不抵触。
至于新上任的红衣主教，则是一个姓奥博良的神学院的高材生。（当然，这是在真理部记录司进行核实后的说法，此前的谣言则宣称奥博良根本就没能毕业。）这人在大革命开始后，靠着向革命政府宣誓效忠获得了神父的位置，后来在九三年的时候，有摇身一变，成了理性教的牧师，并且还给罗伯斯庇尔做密探。
罗伯斯庇尔倒台之后，这人自然是倒了霉，但是很快他又靠着他以前的侦探朋友拉上了吕西安的关系。此后在吕西安的手下表现出色，因而被不断提拔。在出任红衣主教之前，他已经在真理部的记录司当上了司长。
约瑟夫和拿破仑都知道，将教会控制在自己的手中是多么重要，而搞情报和宣传的吕西安自然也不会放过这个位置。只是天主教的神职人员必须单身，不能有老婆，（当然，可以有情妇，也可以有私生子。）没有老婆，自然就也没有合法的子嗣，这对于家族未来的平衡并不好。所以，三个姓波拿巴的都没法自己去兼任这个位置。于是奥博良便因为有过在宗教机构工作的经验而被吕西安推荐给了约瑟夫和拿破仑，并最终被任命为法国教区的红衣主教。
除了红衣主教，各个地区的主教什么的大部分也都落到了吕西安的手中。不过各地宗教局的头头们却大多都是富歇的人。毕竟，单论搞情报，调查阴谋什么的，富歇的水平比吕西安不知道高多少。再加上吕西安要管的事情太多，他本人分心的事情也非常多，即使是约瑟夫和拿破仑也都觉得，这些事情，还是交给富歇比较有效率。
当然，富歇虽然很能干，而且如今和波拿巴家族的共同利益很多，但是无论是约瑟夫还是拿破仑都并不完全信任他，所以教会本身还是落在了吕西安的手中——波拿巴家族必须有自己的一套情报体系以平衡富歇。