紧靠着木叶村的山谷夜里突发大水，而且冒出来的还是浓稠如墨汁一般的黑水，这自然第一时间就惊动了村子里巡逻的忍者。
暗部也迅速做出反应，派出人员前往查探的同时，连夜向三代火影和波风水门汇报了这个情况。
木叶村的组织能力和忍者的执行力都非常出色，一系列行动并没有引起村子的骚乱，村民们也都大多不知所觉，依然沉睡在自己甜美的梦乡里。
但近日来到木叶的各国忍者几乎都是本国的精锐，木叶的异常还是引起了他们之中不少人的注意。这些人都在猜测木叶究竟发生了什么，一些交好国家的忍者甚至连夜互通消息，希望吃到第一手的好瓜。
当暗部开始进行调查的时候，上杉真司和大蛇丸已经离开了研究所了。暗部最终得出的调查结果就是，大蛇丸带着一名不明身份的忍者洗劫了根组织的实验室。
根据根组织实验室中残留的人体实验的痕迹，暗部目前的推测就是两方可能因为实验出现了冲突，大蛇丸出手盗取了根组织的实验成果。
当然，即使木叶明令禁止人体实验，大蛇丸的这次行动也跟伸张正义搭不上边。暗部搜查了大蛇丸的住所，发现大蛇丸早已经清空住所里的东西，基本也可以判定他叛逃木叶。
三代火影和波风水门得到暗部回报的时候，波风水门极为震惊，而三代火影也表现得极为震惊。
波风水门对于根组织和大蛇丸进行人体实验的事并不清楚，而三代火影对于对此早就知晓了，只不过一直以来他都是睁一只眼闭一只眼。甚至于大蛇丸会叛逃，三代火影心中隐隐都有了一丝预感。
波风水门和三代火影经过一番商议之后，决定关于根组织偷偷进行人体实验的事情在木叶内部暂时先压下，等到火影继任仪式结束之后再处理。
至于几乎已经确定叛逃的大蛇丸，则出动一支暗部精锐去寻找他的踪迹，待找到之后再安排力量将其逮捕回木叶。
此时三代火影和波风水门都还不知道，原本准备等自己弟子正式就任火影之后再离开的自来也，已经独自一人去追大蛇丸了。
在大蛇丸和上杉真司分赃的临时地点，上杉真司已经将剩余的十几卷实验资料都大致过目了一遍，两人这场交易也算是正式结束了。
正当他们准备离开的时候，一个一阵响亮的脚步声却突然响了起来，声音也距离两人越来越近。
这个脚步声之所以用‘响亮’来形容，是因为来人脚上穿着的是木屐。踩在附近这片岩石地面上声音格外明显，而且似乎对方也丝毫没有想要隐藏行迹的意思。
“是他。”
大蛇丸眼中闪过一丝异色，显然他已经知道了来者何人。
上杉真司则是转眼看向脚步声传来的方向，月光之下映照出一个高大挺拔的身影。
这是一个大约四十岁左右的中年男人，粗犷的国字脸上在眼睛处画着两道油彩，一头张扬的白发更是极为显眼。
他的身上穿着一套深青色的武士短装，脚下踩着木屐，背后则背着一个长度超过一米半径接近一尺的巨大卷轴。
来者不是旁人，正是与大蛇丸同为三忍之一的自来也！
（备注：这个时期自来也的装束与在动画/漫画初登场时的经典造型并不一样）
“大蛇丸，你想要去哪里！？”
自来也先是看了上杉真司一眼，然后便将目光放在了大蛇丸的身上。此时的他还以为一旁的上杉真司是大蛇丸的手下。
听到自来也略带着愤怒的质问，大蛇丸脸上的表情则显得无所谓。他摊开双手笑着说道：“自来也，没想到你板起脸来倒是有几分气势，比平时那副好色的傻样顺眼多了。”
自来也并没有理会大蛇丸的调侃，只是目光依旧死死地盯着对方，然后大声喝道：“大蛇丸，回答我的问题！”
大蛇丸缓缓收起了笑容，狭长的双眼闪过一丝危险的光芒。
“难道你以为...我做事还需要向你解释吗？识相的话就立刻让开，否则我不介意在这里了结了你。”大蛇丸沉声说道。
自来也闻言却是一动不动挡在洞窟出口处，这变相表明了他的态度。不过自来也也并不想和自己的伙伴大打出手，微微沉默后说话的语气终于稍微软化了一些。
“你现在回头还来得及！老师那边我会帮你说情，无论你犯了什么错误，都一定会给你改过自新的机会。”
听到自来也的话，大蛇丸却是仰头大笑了起来。他的笑声之中满是嘲讽的意味，仿佛自来也所说的话十分可笑一般。
“自来也，你还是这么的天真！有时候我真不知道，为什么你这样的蠢货竟然也能做忍者！还有你那个和你一样天真的弟子，又凭什么能成为火影！？”
见到大蛇丸这轻视和嘲弄他的表现，自来也并没有动怒，反而看向对方的目光充满了同情和遗憾。
“大蛇丸，看来到现在为止，你都没有明白什么是真正的忍者！罢了，既然你如此执迷不悟，就让我来打醒你吧！”
自来也话音刚刚落下，一股强大的气势从他身上爆发而出。
自来也平时表现得豪迈不羁，但严肃的时候却又正气凛然。这样的人天生气场就很强大，在气势上非常容易震慑住别人，就算是上杉真司也对这位三忍之一的表现有几分心惊。