基本的世界设定、主要人设和主角穿越产生影响之前的剧情主线肯定不变，但小说毕竟跟漫画不同，不可能完全忽视逻辑。为了避免逻辑bug，原著中的剧情和设定在本书中会有一定的改动，也就是说，本书里面所写的基于海贼王漫画重构的现实世界，是现实世界，会饿死累死烫死冻死窒息死的现实世界，不是那个不能带脑子看的少年漫里的世界。
改动主要有这么几点：
包括各国人口在内的一切会导致世界设定无法自洽的不合理数据都进行了合理化调整，比如鱼人岛人口由500万砍到了5万（海深1万米的限制摆在那里，方圆不过几千米，也就一个城镇的规模，500万人怎么可能塞得下。），佐乌也减到了3000多（空间一样受限，还是森林环境更加稀疏。），这样空间上才住得下，同时也符合鱼人跟毛皮族个体强但族群弱的基本定位；
阿拉巴斯坦的人口减少到了100万左右，因为按原著设定的1000万人口和沙漠国家的环境，这个国家面积会大到几乎完全堵死伟大航路，而七条路线之间没有重叠却是原著的核心设定，两者矛盾无法调和，只能优先保证核心设定，不砍人口不行；
而海军伟大航路支部的常驻兵力则大幅增加到5000以上，如果直接按sbs里作者的说法，拥有至少数艘主力军舰的一个支部的常驻兵力才300人，还不及半艘主力军舰的载员人数，这也太离谱了。
这四个数据是bug最大又直接影响主线的，专门列出来说明一下，其他相对次要的篇幅所限就不在这里列出了，但需要改的时候还是会改的~
主线剧情的结果不变，但具体的经过可能有变动，举个例子，路飞在阿拉巴斯坦打败了克洛克达尔、阻止了他的阴谋是不变的，事后哪些人跑了哪些人被抓也不会变，但是路飞具体是怎么打败克洛克达尔的，就未必会遵循原著的设定了。
ps：尤其和之国剧情实在是崩得太厉害，甚至就连引出的设定也只能部分采用。
绝大部分只出现在剧场版的人物（泽法也不例外）和剧情都不存在。
ps：在漫画里侧面提及的金狮子也改成在暴风雨中落水而死，没办法，这个家伙的剧情从头到尾都是bug，而且这些bug带到主线剧情之后还会引发更多的bug，实在是圆不过来......
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