然而好景不长，神祗之间的战争刚刚结束不久。世间再次出现了一个新的族群，也就是所谓的智慧一脉。
智慧一脉是由混沌大道元神意识为主题所演化生成的，并且元神意识在盘古体内经历开天辟地的洗礼，自然非同凡想。
只见幻影石中镜子再次变得闪亮，镜头一切换，又是另一种场景。赫然出现在面前的竟然是一本书。这本书名叫‘元神智慧’。书的第一页就记载着，此书的由来，为盘古元神所化生而成。再往后所有的页码就都变成了白纸，世人只知道此书需要有缘者才能参悟，得到其中的智慧。该书几乎包括了所有的智慧，与各种秘术、创造、修炼之法等等。
让人不可思议的是，这本书竟然拥有自我创造的能力。
随着镜中的景象不断变化，这部书忽然变化出一个巨人的模样。巧妙地利用着各种自然之力，收集了世间各种珍贵的灵石材料，汲取万物精华，发挥自身的创造之力，竟然创造出了十二个泥塑雕刻。这些泥塑雕的都非常巨大，比普通人要大上十倍以上。并且智慧巨人依次把它们排列好，恰恰面向内围绕着自己，个个面对着巨人，形成一个圆形。
从此智慧之书，不断变化成人型，为十二个泥塑雕刻讲道。如此日积月累，不知道过了几多万年。每一个泥塑雕刻都渐渐地具有了意识，从此智慧之书再也没有幻化成人型。而是一直以一本书的形式静静地躺在那里，让他们感知着自己的存在。至于他们每一个人能参悟多少智慧，智慧之书显得是那么的很不在意。毕竟每一种智慧都是需要自己去领悟的，别人即使告诉你，也是无济于事的。
又经历了无尽岁月，镜子中的景象忽然一变。十二个泥塑突然震颤起来，一阵骚动之后，只见为首的那尊泥塑，像鸡蛋破壳一样，身上的泥土不断地向下掉落下来。泥塑像被雨水淋过了一样，一块块从泥塑身上掉落下来。就这样一层层剥落，快要到普通人一倍大小时，泥塑不在从身上掉落泥块。只听得一声声脆裂声，在那泥塑身上蔓延，使得泥塑浑身都布满了龟裂纹。突然泥塑内豪光暴涨，就像里面包裹了一个强光电源，从脆裂的缝隙里透射出来，只让人觉得十分耀眼夺目，使人无法睁眼直视。
就在这时只听得‘嘣’的一声，一股强大的气流冲击而来，到处都是爆炸后的尘土粉末，让人看不清到底发生了什么。过了许久，镜子中的画面才开始逐渐清晰起来。仔细看去，在原来那个泥塑处，赫然站立着一个人，此人一身白色素服。气宇轩昂，眉清目秀，气质非凡。那白衣人缓缓跪下，重重地向那本书跪拜。只见那本书突然像被人翻动一般，到第二页时，那张白纸却慢慢出现了字迹。
只见书上写道‘合诸天地造化之法，循守时空演化之秘。引乎自然大道之力，尽传无极智慧之妙。育化汝等一十二灵，非天、地、神、人、鬼五仙之类，独属我智慧一门。望尔等自此以后，多多参悟智慧之道，以求突破天地无极之至酷，摆脱时空轮回之束缚。如此方能不辜负我竭尽毕生之力，养育扶化之恩。汝等一十二子，必定在一天之内合十二时辰之数，先后幻化破土而出，为今之际为师分别赐命名为：子灵、丑圣、寅义、卯信、辰空、巳明、午法、未戒、申慧、酉心、戌智、亥正。待我归去，望汝等信守本心之大道，互相扶助，不得互相戕害。’
虽然只有第一个泥塑幻化成型，看到了这一幕。但是其他泥塑却也早已具有完整的心智，也能够看得到智慧之书的法旨。聆听到智慧之书的教诲，其他十一个泥塑，自然不甘落后，大家都争先恐后地要挣脱泥塑，幻化而出，意图成就自由之身。
只是这一刻，第二个泥塑与第三个泥塑都开始出现脆裂声，大有同时崩裂而出的趋势。然而，等了许久却只听到一声爆炸的巨响。第二尊泥塑中出来了一个全身穿着黑色服饰的俊美青年。而第三尊却并没有破体而出。随着时间的推移，其他的泥塑不断地破体而出，直到第十二尊泥塑都破体而出了，却依旧不见第三尊泥塑爆破。见到这种情景，其他破体而出师兄弟们都开始着急了。大家都围了上去，看看这个小师弟为什么还不出世。仔细探查才知道，原来第二尊泥塑爆破时，一块原石碎片崩入了第三尊泥塑的脑颅之内。正是因为如此，第三尊泥塑元神意识被原石压迫着，以至于他无法自行爆破。无奈之下，众师兄们只得强行帮助小师弟破体而出。如若不然，小师弟一日之内不能按师尊所说定数破土而出，很有可能因之夭亡。在众师兄弟的帮助下，第三尊泥塑终于爆破，可是小师弟却因此变得有点呆傻，脑子变得不大灵光。从此丑圣二师兄为了减轻对小师弟的愧疚，依然担负起照顾小师弟的责任。凡是自己能做到的，他都会为小师弟去做。
尽管经历了一番波折，可是十二个泥塑还是在一天之内，都完全幻化出人形，成就了自由之身。十二个兄弟按智慧之书所说的排序，依次排好长幼次序。各自把自己从智慧之书中体会出来本心大道说了出来，加以整合分类。子灵、卯信、辰空、巳明、午法、未戒、酉心、戌智这八个师兄弟出生以来所穿服饰尽为白色，学的是天道，自然要离开下界到天界各处去参悟大道智慧。而亥正、丑圣、申慧、寅义四位生来就穿黑色服饰，却是学的大地之道，也就留在下界各处参悟大地之道的智慧。
镜头一切，又不知过了几多万年。这时智慧一脉的名声，早已威震三千世界。以天帝为首的天庭神祗一脉，自然要拉拢智慧一脉的人去天庭效力。然而天界中八位天道智慧门徒，却没有一人愿意参与天庭的统治。他们只愿意过自由自在的日子，参悟无极大道，不愿意为世间琐事打扰清修。大地之上的四位智慧门人，虽然大多不愿意参与神祗之间的斗争；但是智慧一脉第三弟子，参悟大地之道的寅义却接受了天帝的敕封，成为了天帝座下的大神客卿。
然而寅义却并非甘于平庸之辈，他有着强大的野心，他不愿一直做别人的附庸，他想要主宰世间万物，成为万亿神祗的主人。于是他明里装出一副忠顺的摸样，暗地里却不断地游走于各大神祗之间，交结朋党，离间天庭各部的联盟，并且到处宣扬天帝的不公，怂恿天界第一战神刑天反叛天庭。
终于在寅义的奔走下，许多大神开始脱离天神联盟，倒戈对抗天帝代表的天庭一方。摩擦不断地升级，斗争的形势不断加剧。终于有一天刑天开始明目张胆地对抗天帝，并且公然发动叛乱。天帝调集大量神祗军团，终于以惨痛的代价平定了叛乱。这时天庭已经达到了空前的虚弱，再也没有威震四方的能力。天上地下一旦出现叛乱，天庭就会面临土崩瓦解的局面。面对如此时局，天帝虽然俘虏刑天，却因惧怕刑天再次反叛，而不敢留他性命。于是天帝用玄天之光斩下了刑天的头颅，并将它的尸身镇压在不周山下。并派有重兵把守。
然而寅义还是用各种办法，使刑天复活，趁天帝熟睡之际，用战神斧一击斩杀了天帝。刑天竭尽全力，也赫然死去。自此天界神祗一脉，再也没有了统一的领袖。
事情到了如此地步，最有威望成为下一任天帝的自然就是寅义。然而就在寅义要成为下一任天帝，正要举行登基大典的时候。上一任天帝的护卫军统领三身族，却发现了寅义的阴谋。神祗一脉遭此重创完全是拜寅义所赐，统领不惜一死，到大殿揭穿了寅义的阴谋。却被寅义愤怒之下，一掌打死。自此寅义不容于神祗一脉，人人得而诛之。三身族作为天帝的护卫军，更是对寅义有着切齿之恨。
神祗一脉走向了前所未有的衰败，无论天上地下神祗一脉都对寅义恨之入骨。天庭众臣竟然代天帝发布了一道明召，杀死寅义者可为天庭之主。一时间神祗一脉个个都来了精神，像打了鸡血，争相恐后的要斩杀寅义。寅义虽然厉害，却也抵不过成千上万源源不断的神祗不断地进攻。他不断地逃跑，最终逃回了下界。
逃到下界，他首先找到了神志不清的小师弟亥正。因为亥正在幻化成人形时，智力受损，性子直，容易上当受骗。不仅如此，亥正因为智力有限，却在武力法术上出奇的有进益。所以寅义才首先找到亥正，骗亥正说神祗一脉要铲除他们智慧一脉，来以绝后患，除去智慧一脉的威胁。亥正果然上当，自然不会让神祗们杀死寅义。于是乎很快，亥正的手上沾满了神祗的鲜血。无数的神祗死在了亥正的手上，这一下亥正成了又一个神祗一脉的死敌。
寅义与亥正不断地逃跑，来避开三界诸多神祗的追杀。师兄弟俩过着相依为命，生死逃亡的日子。
许多年后丑圣参悟大地之道大有所成，出关后却发现小师弟亥正与寅义不断地被神祗一脉追杀，过着刀口舔血的日子。多年的愧疚，让他认为亥正师弟之所以会不分青红皂白斩杀了那么多神祗，这一切都要归罪与自己当初的过失。于是丑圣不得已降尊纡贵，向天庭神祗一脉求和，自己与几位师弟甘心为天界为奴仆效力亿万年，以赎罪责，请求神祗一脉饶恕亥正一命。然而神祗一脉与亥正结仇太深，自然不肯妥协。丑圣虽然无奈，却并不甘心亥正就此被神祗诛杀。于是丑圣每每在暗处襄助亥正逃命，如此这般神祗一脉每年都有无数生灵死在智慧一脉的手下。这种情况很快就激怒了所有神祗，世间所有神祗以毁灭三界相要挟，要求智慧一脉清理门户，斩杀寅义与亥正。并以所有神祗的性命起誓，若不惩处这两个祸害，誓不与智慧一脉共存于天地间。
面对如此局面，智慧一脉修持天道的八位师兄弟，再也不能以旁观者自居。他们虽然不惧怕神祗的要挟，却不能违背公义偏袒两位犯了大错的门人师兄弟。使智慧一脉没有安身之地。但是鉴于智慧一脉的门规，同门不得相残，他们也不会同意诛杀两位师弟。经过百般磋商，智慧一脉修持天道的八位门人，同天庭达成共识。神祗一脉可以饶恕亥正与寅义的性命，条件是智慧一脉要将所有庇护过这二人的人全部囚禁于灵山之下，并且终生监禁。
自此大地之道的修持者就要有三位被判终身禁，唯一剩下的大地之道修持者申慧，坚决反对这种协议。在百般谏阻无效下，他毅然决然加入到了抗争的行列。从此智慧一脉分裂为二，世间的格局变成了以天道为首智慧一脉镇压修持大地之道的智慧一脉。
经历了无数的战争，双方依旧征战不休。智慧一门的战力，达到了极致的展现。这种惊人战力，是任何神祗无法达到的，也是所有神祗向往的。在战争僵持了许多年之后，智慧一脉的神力消耗严重，神祗一脉拿出了远古时期盘古大神的开天斧，才一举击败修持大地之道的四个智慧一脉门人。
最终神祗们竭尽全力，开凿四大灵山，建造了三界之内唯独仅有的四座监狱。用来镇压这四个智慧一脉的门徒。
而这四个智慧一脉的门徒，自然就是后来所谓的四大魔尊。分别是镇压在仙灵山的仙魔尊申慧，镇压在圣灵山的圣魔尊丑圣，镇压在慧灵山的至魔尊亥正与镇压在玉灵山的玄魔尊寅义。