小明在火箭队二人组最后的“助攻”下达成了一百场连胜的成就，也达到了他自己定下的外出旅行的标准，跟小智相约在石英大会上再次对决，然后就独自踏上了历练的旅途。
接下来小智一行人继续在森林里前行，途中路过了某个自称是贵族学校但是里面居然连一个老师都找不到的疑似为民办小学的地方，在经过了一些愉悦但是不愉快的对决之后，智爷证明了爱是可以感动世界的，电系的皮卡丘战胜了地系的可拉可拉，其实智爷还是很强的，只要是逆属性克制出场基本都可以赢(￣▽￣)b。
之后又路过了一个小木屋，木屋里面住着某个岩石系道馆前馆主的女神，当然他的女神很多就是了，小智在这里获得了一只他一直以来就想要得到的妙蛙种子。
之后五人继续前往枯叶市，半路又遇到了一只被人抛弃的小火龙，智爷继续用爱获得了小火龙的认可，获得了火系的初始神奇宝贝。
接着好像有人故意安排的一样，在某个小镇附近，小智遇到了一个由被抛弃的杰尼龟组成的流－氓团队，经过了一番看似危险其实最多只不过是恶作剧的斗争之后，运气大发的智爷获得了其中领头的杰尼龟的追随。至此，小智已经将之前因为迟到而错失的初始神奇宝贝收集完全，不再有这方面的遗憾。
远方的常磐市，一个昏暗的房间里，发生在小智一行人身上的所有事情都显示在一个巨大的屏幕上，在小智最终得到了杰尼龟之后，屏幕前的男子嘴角不自觉地露出了微笑。
“喂，你这样做不会太明显了吧？”一个有些轻佻的年轻男性声音从中年男子背后传来，“御三家要是这么容易获得，联盟又怎么会用来当做是新人训练家的初始精灵。虽然有些太看得起那些良莠不齐的新人们，但是他们确实是联盟的后备战力，更何况能够得到各地的研究所的认可，获得御三家的初始精灵，这些训练家本身就有足够的潜力或者势力，不是那些拿着小拉达独角虫之类的精灵开始历练的训练家可以比的，作为初始神奇宝贝，御三家也有足够的潜力成为这些新人的最强战力。要是不论谁都可以轻易获得它们，联盟的势力又怎么会能够保持全世界都在他们的统治之下，早就有不安分的阻止推翻他们了。”
“这点你就不用担心了，”中年男子的声音很平和，似乎心情不错，“火箭队从来没有使用过御三家小精灵，以后也不会使用，这是我和联盟高层的默契，不然谁都会想到联盟里面肯定有身份足够的暗子，虽然肯定想不到是我亲自来做这事，但是道馆的问题也肯定会被发现，对火箭队的发展不利，所以你的担心纯粹是多余。”
“你就不怕被联盟发现你们的关系？虽然不明显，但是这个小队里面真正的领导者其实是喵猫吧？只是那两个普通的火箭队成员没有发现而已，而且这只喵猫还是如此的特殊，连神兽都不能直接说话，而是要使用诸如心灵对话的方式跟人类对话，这只喵猫却能够做到连哪怕凤王这样强大的神兽都没能做到的事情，要是说没有问题，你自己都不相信吧？你身边一直跟着一只喵猫的最终进化喵老大，要是看不出来这只喵猫跟你的关系，我干脆直接承认你是主人好了。”
“只要你不乱说，没有人能够发现这里面的问题。”
“随便你，反正那又不是我儿子。”
“……看来你似乎有点想念精灵球里的日子。”
“你确定要把仅有的三次机会用在这方面？而且现在还剩下两次而已，用了这次你可就只有一次机会命令我了，我倒是无所谓，甚至更希望你让我进去休息一阵呢，不过你跟岩浆团的对决怎么办？还有跟联盟的战斗不用我出场了？遇上危险我可是肯定会逃跑的哟！”
“哼！不愧是神兽，哪怕是特制的精灵球也只能抓住你三次，之后就会报废，不过三次机会也足够了，只要抓到了岩浆团的那个新任首领，获得了神兽级神奇宝贝一样的力量，联盟就不是问题，浪费一次机会也不是不可以。不过我也不想把关系闹得太僵，如果你愿意收敛一下你的恶趣味的话，我也不会把你送进精灵球。”
“我还是去里面睡一觉吧，这样还可以早点脱身。多嘴说一句，我还以为你会把自己转化成吸血鬼呢。”
“那种满是缺陷的力量我又怎么会看得上！一批能够再生的炮灰已经足够了，有缺点的手下是可以驾驭的武器，但是身为首领是不会有缺陷的，因为领袖至高无上！你，就在里面好好待着吧。”
中年人手中的精灵球发出一道光束，年轻人被这道光束击中之后，好像神奇宝贝一般被收进了里面。
“不受控制的工具，哪怕威力再大也是麻烦，可惜只能再使用一次了。”中年人不无遗憾地说道，但是眼中的神色却没有半点可惜的样子。
（火箭队里面的炮灰可不只是吸血鬼，坂木，期待我送给你的礼物吧！）
王毅在精灵球里面想着，随后陷入了沉睡。
另一边，小智、阿飞五人穿过迷失了路途的森林，来到了某个不知道究竟是哪里的海边，在那里，小智凭借一根枯树枝独自收服了一只发育不良的大钳蟹，然后因为已经有了六只神奇宝贝在身边，所以精灵球被这个世界的黑科技传送走了，为了确定大钳蟹究竟有没有被送到大木博士的研究所，小智五人来到了附近唯一的建筑，一个看上去很有些历史的灯塔，灯塔大门上有着许多神奇宝贝的图案。
“这里不像是普通的灯塔啊。”
“先打声招呼吧。”
“也是。”小智按下了门铃，在幽寂的黑夜里，灯塔中传来了阵阵钟声……