大顺军对于孙可望采取了坚定的武力打击策略，对于盘踞东南的郑氏小朝廷则继续采用文攻武吓的办法进行压制。
这主要是因为孙可望政权出于西营，军队野战能力较强，始终让李来亨感到十分忌惮。
而郑氏小朝廷，其水师尚可一观，陆兵则与大顺军的实力相距甚远了。
郑森颇有才具，可他还年轻的过分，无法担当起大任来。
手握东南军政权柄的郑芝龙，既老毛又软弱，缺乏孙可望那般勃发的野心和毅力，根本不足为惧。
所以西南和东南之间，大顺军以西南为优先。
当秦、楚、桂三路并举平蜀时，虽然孙可望早在上一年就数度牵制到福州寻求郑家的支援，试图与东南小朝廷结成攻守同盟。
可是哪怕郑森强烈劝说他的父亲出兵北伐，趁着大顺军各地驻军向湖北、广西集结的时候，乘海船北上，迅速夺取舟山、崇明岛等地，然后纵兵直取金陵。
但郑芝龙却只是和孙可望虚与委蛇，他口头上答应了西明的结盟要求。实际上却在西顺汉中、重庆多番鏖战时，坐拥大军，却不发一矢、不出一兵，完全坐视宝贵的战略窗口期丧失。
郑芝龙毕竟已经老了，他早就不是从前那个叱咤风云的海上霸主了。郑芝龙有家眷，有孩子，有在福建陆地上的无数房屋田产。
他绝无可能再重新回到海上，也绝无抗衡大顺军南下的理由和意志。
李定国、刘文秀二人投降以后，受封西宁公、南安公，其事迹早已由顺朝的文宣人员传播了福建和广东。
郑芝龙犹疑不定、左右摇摆的那颗内心，终于被这最后的砝码打动了。
他召集郑氏家族成员，还有南明残余势力的朝臣、武将们，郑重宣布了将向顺朝遣使求和的决定。
谁都明白，如今的形势，所谓遣使求和，其实便是遣使请降。
但郑氏内部，甚至南明的残余势力里，除了郑森一人坚决反对以外，其余人等都对郑芝龙释放出来的投降信号表示了接受的态度。
郑森难以置信：“福建、广东两省尚有士马十万，海船不可计数。只要经略有方，光是海贸一项每年岁入便有一千万两白银，何愁不能抗衡流寇
父亲流寇奸猾，岂能信之遣使以后，福建必不为郑家所有了”
郑芝龙的心中却认为福建本就不该由郑家占据，此前郑家的势力，不过是王朝末世的偶然情况。现在李来亨一统海内，天下版图重归于无缺的金瓯，新时代已经降临了。
历史上岂有新朝来临时，前朝重臣能够割据一方，却保富贵数世的
“大木，还是太年轻太幼稚了”
郑芝龙拍板决定：“我意已决，闽粤二省号称士马十万、海船千艘，其实可战的士卒最多不过一两万而已。
剩下那些临时征募的新兵和民团，岂会是大顺王师的对手王师既到，还有什么可说的”
郑森负气而走，郑芝龙也不加劝阻。福建和广东两省由此门户大开，天法二年九月，郝摇旗在广东节度使的协助下，招抚了在粤西山区及潮汕一带负隅顽抗的忠明民军，不久割据海南岛的几支残明势力也在张家玉的招抚下陆续缴械投降，广东一省得以平定。
天法二年十月，张皮绠、刘希尧以水陆大军二万余人从浙江南下，顺军新编的海船水师沿着浙江海岸迅速往福建方向挺进。
由于郑芝龙不做抵抗的准备，沿途的郑家船队多数都选择了投降，陆上的守军听闻海防已失，甚至部分顺军已浮海登陆闽南后，也都丧失了抵抗意志。
只有郑森前往厦门，聚集了残明势力中不愿屈服于李来亨的一些力量，以厦门、金门两岛为基地，效仿明初的方国珍残部，沿海打游击，形成了一支颇具有实力的反顺民军。
在陕北安置好太宗皇帝陵寝的李来亨，回到东京后才知悉了郑森据厦门、金门反顺的战情，他将书册置于一旁，对入宫觐见的顾君恩笑道：
“好直以为当要如何处置郑森”
顾君恩拜首道：“微臣以为郑寇仅具有二岛，缺乏粮秣，其势必定不能长久。我军只以海船切断二岛同陆上的联系，以有力官员约束地方，严禁地方百姓与外洋海贼通商贸易。
如此至多一年，郑寇弹尽粮绝，必将来归降了。”
李来亨笑而不语，顾君恩还不懂得海贸之利有多大。只要郑森能控制福建外洋的海上贸易，那一年几百万甚至上千万两的收入都很平常。
郑森手握这样多的钱财，即便顺朝官员百般约束，可是不使用残忍的铁腕政策，怎么可能控制住百姓不去通商呢
“好直这是洪武帝对付方国珍的老办法啦时代不同了，老办法是行不通的”
李来亨即言：“命刘希尧在宁波、福州二处继续营造海船、训练水师，郑氏归附的诸将，就不要让他们来东京了。直接带到浙江任用起来，除了不能让他们掌握福建省的政权、兵权外，到浙江后，大可以让郑氏诸将为大顺编练水师。”
后世清朝收降了郑家多数将官以后，对这些富有海上作战经验的宿将，却只当成一般的低级降将对待。要么是大力裁撤，直接让这批宿将没有活路，只好逃出去投奔国姓爷；要么就是带去北京圈养起来。
总之就是没有利用他们的才干和经验，所以明明郑芝龙投降清朝以后，国姓爷负气出走后，完全是从零开始创建海上势力，结果清朝手中既有郑芝龙留下的人才，也有郑家归降的船队，却竟然不能制服国姓。
这就很荒谬了。
有如此资源却不能用之，李来亨可不会如此。
只是他对郑森心怀善意，不愿意采取过于铁腕的武力政策。而是命令刘希尧在宁波、福州两地编练海军，在这期间大顺军则以防御为主，守军重点防御产量的泉州、漳州等地，不必要积极进剿残明势力。
等到大顺的海上力量编练完成以后，到时候自然能够以更低的代价降服郑森。
如果郑森依旧不愿归附，那边任其远走海外，又有何妨。