李太后伸手拉过朱由学，朱由学心中一喜，只听李太后说道：“我大明朝延续两百多年，靠得就是祖制，就是礼法。我的孙儿朱常洛已经登基，众目睽睽，无所争议。郭妃无嫡子，我大明无嫡立长，以朱由学为长，我意立朱由学为帝，你们意下如何？“
你话都说完了，我们还能说什么？九卿相虽然各有心思，但此时绝不能和李太后唱反调，九人一齐跪倒在地，说道：“臣等遵太后懿旨。“
朱由学深吐一口气，虽然事情有些波折，但和他预想的大致不差，他立刻跪倒在地，说道：“孙儿朱由学，谢曾祖母。“
李太后将他拉起，说道：“把椅子抬来，就放在乾清宫门口，哀家倒要看看，这苍天是不是还要再降下灾祸。倘若再天塌地陷，哀家和你一起当之。“
太监立刻将龙椅抬至乾清宫门口。
李太后道：“好孙儿，这椅子就在这，你可敢坐上去？“
朱由学毫不畏惧，他有系统护身他怕谁？
朱由学快步走到龙椅前，跳上龙椅，端端正正的坐好。
李太后道：“国不可一日无主，你们朝拜新君吧。“这句话两刻钟之前叶向高刚刚说过，半刻钟后，就死了三人。
此时李太后再说这话，在场之人个个心中都有一种恐惧的感觉，生怕再出现天灾。
九卿相硬着头皮，就在小谷底旁再次三跪九叩，朱由学待他们拜完，说出他做皇帝的第一句话：“众卿平身。“
九卿相站起身来，朱由学道：“翁正春。“
翁正春立刻上前一步，说道：“臣在。“
其他八人看着翁正春，心中道，这是皇上报答翁正春刚才的支持。
果然听朱由学说道：“你是礼部代尚书，我皇爷爷、父皇的大行之国丧，还有朕的登基诏书，登基大典都属你礼部之事，朕命你为总管，赐尚方宝剑，六部九卿和阁臣都由你调用，凡有不听者，汝可临机决断，你可愿意？”
翁正春面色不变，说道：“臣，遵旨。”
一旁的李太后见朱由学安排的妥当，也是无话，只有其他八卿相暗中苦笑，新皇帝一上来就给他们一个下马威，独宠翁正春，以示有恩必报，威恩并施，手法老道之极，很难想像这是一个五岁的幼童能做出来的事。
李廷机和叶向高两人对视一眼，对翁正春变成临时总管也是无话可说，刚才两人虽然是内阁大臣，但并没有拥护朱由学，此时新皇帝要给他们一点压力，也属正当。
朱由学说道：“你们八人，对朕的旨意有什么意见吗？”
八卿相明白这套路，这是皇上让他们表态呢，他们能说什么？只能同意，而皇帝要的就是他们同意，只要话说出口，再暗中玩花样，被抓住可就没什么说的了，该怎么办怎么办，谁也没法叫冤枉。
新皇的虎须虽然还幼，但也撩不得，八人互看一眼，都是心中了然。
八卿相一起躬身，说道：“臣等无异议。”
朱由学道：“无异议就好，你们就去商量着办吧，传文武百官前来，先把登基诏书发出，朕今日就登基，稳定天下人心。”
说着转过半身对李太后道：“孙儿的登基诏书还要曾祖母过目用玺，以示正统。”
李太后望着他井井有条的分派布置，想到自个血脉中居然生出这样聪明的皇帝，心中老怀大慰，对自己立朱由学为帝的决定感到高兴，才五岁就能驾驭朝臣，苍天带走她的四位亲人，却也给了她一个希望，一个大明中兴的希望。
李太后点点头，说道：“正是如此，翁正春，你们现在就拟旨，哀家立刻用玺。”
登基诏书对这些科举考上来的官们，根本不是难事，唯一要注意的，就是用词是否有不妥，或是有什么遗漏，但九个人互相讨论，补遗拾缺，由翁正春执笔，不过一柱香的功夫，登基诏书便已经拟出，送到李太后面前御览。
李太后细看了看，便对朱由学道：“皇上，你来看看，可有什么要改的？”她一时忘记朱由学才读了一天的书，字能不能认得还两说。主要是刚才朱由学的表现，让她忽视朱由学的幼童身份，言谈举止便如同成人一般。
朱由学拿过登基诏书，一个字一个字的读着。
叶向高看着朱由学看认真，忍不住低声问李廷机：“李大人，你真是厉害，才教了一天，皇上就已经能认字了？”
李廷机搭搭眼皮，哼了一声，也不回答，心中道，新皇上妖着呢，反正老夫快要告老，以后有你们受的。
朱由学见登基诏书写明他继承皇位，他也只在意这一点，其他的废话套话他也懒得去琢磨，反正都是好话。
将登基诏书递给李太后，说道：“请曾祖母用玺吧。”
李太后将玺印盖在诏书上，太监将其送至翁正春手中，朱由学道：“等文武百官齐至，爱卿立刻报我。朕现在要尽孝了。”
说着‘哇’的一声哭出来，跳下龙椅，一路哭着来到已经放入棺材的万历皇帝和朱常洛棺旁，哭得是撕心裂肺，一时乾清宫中哀声再起。
朱常洵和朱由校的尸身不能放在乾清宫，他们没那个资格。两人被太监们背出禁宫，朱常洵送往他的府邸，朱由校送往东宫。
郑贵妃已经晕倒在地，被太监扶出乾清宫，此时人人都知道她完了，因此就算是她宫里的贴心人，此时也都不再理她而是混在乾清宫中举哀，想要奔个新前程。
万历三十九年九月二十九，朱由学登基称帝，和历史上不同的是，万历皇帝早死九年，但其他的没变，庙号神宗，谥号范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，葬十三陵之定陵。
朱常洛也早死九年，原来他做了一个月皇帝，如今做一柱香皇帝，但一柱香也是皇帝，他的庙号也没有变，庙号光宗，谥号崇天契道英睿恭纯宪文景武渊仁懿孝贞皇帝，葬在明十三陵的庆陵。
大明朝同时失去两位皇帝，光是国丧就连办两场，先是神宗，再是光宗，足足搞了近三个月，朱由学才从丧事中解脱出来。
他现在虽然是皇帝，但因年幼，大事还得李太后代管，说是代管，其实就是过一过李太后的玉玺。
经过近三个月的表现，朱由学已经完全博得李太后的信任。现在宫中上下，谁也不敢拿朱由学这个五岁皇帝当幼童看。